| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,290,222 | 0 | T | A | 5.4% | 925.9 / 30.5 | 294 | pseudogene (227/567 nt) | insZ | pseudogene, transposase homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (142/136); new base A (8/8); total (150/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
CTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCCGGGATGGTGGCGAGCATGGAGTGGGCCAGCACAGTTTCGCTCTGCCGGTAAGGTGCGGTCACGGCATTCAGCAGAATGTGACTTCCCAGGTTCATTAAGGCCACCAGACGCATAACCGGGTAGGCGTTCTGCCGCTTAGTGGATGTGTTGGCAGACCCATAATATTCACGCAGCTCGGGTTTATCAGGTGT > CP009273/1290074‑1290370 | cttcCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCCGGGATGGTGGCGAGCATGGAGTGGGCCAGCACAGTTTCGCTCTg > 2:2251777/1‑150 (MQ=255) ccACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCCGGGATGGTGGCGAGCATGGAGTGGGCCAGCACAGTTTCGCTCTGCCg < 1:1632840/150‑1 (MQ=255) cACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCCGGGATGGTGGCGAGCATGGAGTGGGCCAGCACAGTTTCGCTCTGCCgg > 2:2534951/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |