| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,367,252 | G→T | 26.9% | E363* (GAA→TAA) | ycjN → | putative ABC superfamily sugar transporter periplasmic‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,367,252 | 0 | G | T | 26.9% | 575.2 / 172.1 | 267 | E363* (GAA→TAA) | ycjN | putative ABC superfamily sugar transporter periplasmic‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/104); new base T (37/35); total (128/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
AAGCAGCAGAAAAATTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGATCTC > CP009273/1367103‑1367401 | aaGCAGCAGAAAAATTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTg < 1:781089/150‑1 (MQ=255) agcagcAGAAAAATTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGa < 2:2693812/150‑1 (MQ=255) agcagAAAAATTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACt < 1:427805/150‑1 (MQ=255) 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ggTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGAt < 2:4792322/150‑1 (MQ=255) gAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGAtctc > 2:4003546/1‑150 (MQ=255) | AAGCAGCAGAAAAATTTGTCACCTTTATGGAGCAGGCAGACAACATTGCCGACTGGGTGATGATGTCGCCAGGTGCTGCGCTGCCGGTGAATAAAGCGGTGGTGACTACCGCCACCTGGAAAGACAACGACGTTATTAAGGCGCTGGGTGAACTACCGAATCAGCTAATCGGTGAACTGCCAAATATTCAGGTTTTTGGCGCAGTAGGGGATAAAAACTTTACCCGCATGGGTGATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGATCTC > CP009273/1367103‑1367401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |