Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,377,394 | C→T | 100% | A275A (GCG→GCA) | ycjW ← | LacI family putative transcriptional repressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,377,394 | 0 | C | T | 100.0% | 1012.8 / ‑6.7 | 309 | A275A (GCG→GCA) | ycjW | LacI family putative transcriptional repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (136/172); minor base A (1/0); total (137/172) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGG > CP009273/1377247‑1377539 | gTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCt < 1:4088669/150‑1 (MQ=255) tAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTa < 1:910309/150‑1 (MQ=255) aaTATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCAGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTaa > 2:4869560/1‑150 (MQ=255) atatTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAAc > 2:3520462/1‑150 (MQ=255) tatTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAAct < 2:4290876/150‑1 (MQ=255) tatTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAAct < 1:2709782/150‑1 (MQ=255) atTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCAGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAActg > 2:943842/1‑150 (MQ=255) tCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAActgct < 1:1306083/150‑1 (MQ=255) tCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCAGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAActgct < 2:1812283/150‑1 (MQ=255) tgACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAAt < 1:5068698/150‑1 (MQ=255) gACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATa > 2:4138477/1‑150 (MQ=255) gACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATa < 1:863320/150‑1 (MQ=255) aCGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAg > 2:538366/1‑150 (MQ=255) 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aTTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCGTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTctct > 1:3108834/1‑150 (MQ=255) ttAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTctg > 1:3383769/1‑150 (MQ=255) ttAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTctg < 2:141222/150‑1 (MQ=255) aGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTctgctg > 2:166119/1‑150 (MQ=255) aGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTctgctg < 1:4324812/150‑1 (MQ=255) cGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACATAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGcc < 1:3217103/150‑1 (MQ=255) ggAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCg > 2:2456858/1‑150 (MQ=255) ggAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCg > 1:2343573/1‑150 (MQ=255) gAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGc > 2:5034166/1‑150 (MQ=255) aataatAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCa < 2:3825867/150‑1 (MQ=255) 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taaCTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATa < 1:1691840/150‑1 (MQ=255) taaCTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATa < 1:850747/150‑1 (MQ=255) taaCTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATa < 2:4254219/150‑1 (MQ=255) taaCTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATa < 2:4696237/150‑1 (MQ=255) aaCTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATaa < 1:773975/150‑1 (MQ=255) 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tCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCa < 1:3726928/150‑1 (MQ=255) gCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTgg < 2:4620885/150‑1 (MQ=255) gTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGct > 2:2818941/1‑149 (MQ=255) gTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCa > 2:4210642/1‑150 (MQ=255) gTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCa > 2:4362157/1‑150 (MQ=255) 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taaatGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAAtt < 1:4821478/150‑1 (MQ=255) aaatGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTg > 1:3564711/1‑150 (MQ=255) cAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGtgc > 1:4265853/1‑150 (MQ=255) aGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGtgct < 2:2985953/150‑1 (MQ=255) gTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTgctgct > 2:4062814/1‑150 (MQ=255) 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aTTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTaa > 2:119952/1‑150 (MQ=255) ttGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAAt < 2:5074732/150‑1 (MQ=255) gCTATAACCCTCCTCTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTTGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTGAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGc < 2:552985/150‑1 (MQ=255) cTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGAGAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCa > 2:1499572/1‑150 (MQ=255) ataACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGt < 1:4683379/150‑1 (MQ=255) taACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGtt > 2:2859940/1‑150 (MQ=255) aaCCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGttt > 1:5027444/1‑150 (MQ=255) aCCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGTAGTTTc < 1:127580/150‑1 (MQ=255) cccACCACTGCTAACTGCTGCTGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACTGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCa < 2:3175227/150‑1 (MQ=255) cccccactGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCAt < 1:5137098/147‑1 (MQ=255) ccaccaCTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCAt < 2:4426650/150‑1 (MQ=255) ccactGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATggg > 1:4171870/1‑150 (MQ=255) | GGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGG > CP009273/1377247‑1377539 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |