Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 134,297 | 0 | C | A | 25.6% | 751.8 / 193.9 | 333 | S243* (TCG→TAG) | cueO | multicopper oxidase (laccase) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (114/132); new base A (42/44); total (156/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
CGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCACCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGACGGTGGTCTGCTACCTGAACCAGTGAAGGTGAGCGAACTGCCGGTGCTGATGGGCGAGCGTTTTGAAGTGCTGGTGGAGGTTAACGATAACAAACCCT > CP009273/134148‑134446 | cGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTc < 2:3068035/150‑1 (MQ=255) gCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTAGCt > 2:4060033/1‑150 (MQ=255) cAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTc < 1:5111449/150‑1 (MQ=255) 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tCGCTCAATTTCGCCACCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGTCGGTGGTCTGCTACCTGAACCAGTGAAGGTGAGCGAACTGCCGGTGCTGATGGGCGAGCGTTTTGAAGTGCTGGTGGAGGTTAACGATAACAAAccc < 2:4553250/150‑1 (MQ=255) cGCTCAATTTCGCCACCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGACGGTGGTCTGCTACCTGAACCAGTGAAGGTGAGCGAACTGCCGGTGCTGATGGGCGAGCGTTTTGAAGTGCTGGTGGAGGTTAACGATAACAAACCCt < 1:795264/150‑1 (MQ=255) | CGGGCAGATTGATTATCAACTGGATGTGATGACCGCCGCCGTGGGCTGGTTTGGCGATACGTTGCTGACCAACGGTGCAATCTACCCGCAACACGCTGCCCCGCGTGGTTGGCTGCGCCTGCGTTTGCTCAATGGCTGTAATGCCCGTTCGCTCAATTTCGCCACCAGCGACAATCGCCCGCTGTATGTGATTGCCAGCGACGGTGGTCTGCTACCTGAACCAGTGAAGGTGAGCGAACTGCCGGTGCTGATGGGCGAGCGTTTTGAAGTGCTGGTGGAGGTTAACGATAACAAACCCT > CP009273/134148‑134446 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |