| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,428,220 | A→G | 8.8% | intergenic (‑289/+28) | pinR ← / ← ynaE | Rac prophage; putative site‑specific recombinase/cold shock protein, Rac prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,428,220 | 0 | A | G | 8.8% | 293.1 / 20.7 | 113 | intergenic (‑289/+28) | pinR/ynaE | Rac prophage; putative site‑specific recombinase/cold shock protein, Rac prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/61); new base G (4/6); total (46/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TTTAACTCGGTTTGTTTTTCGAGTTCCGGGCGGACTCAAGGAAGAAGAATAGTGTTGCGTGTTATTTTAACCAGATTTCAAGTTGTTTGGTCGTGGAAAAGTGGAGCAAAATGTTGTTAAAGTGGAAAAATGATAAAAAAGTAAGTTTATTATATTACATTTTACCATTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTCTTTGTTATCCAGCCATGATGTTTTCTTTATGTTTCCTTCAATGTAATCAAGCAATGTTC > CP009273/1428094‑1428369 | tttatgtCGGTTTGTTTTTCGAGTTCCGGGCGGACTCAAGGAAGAAGAATAGTGTTGCGTGTTATTTTAACCAGATTTCAAGTTGTTTGGTCGTGGAAAAGTGGAGCAAAATGTTGTTAAAGTGGAAAAATGATAAAAAAGTAAGTttat < 1:5155328/144‑1 (MQ=1) cataTTTCAAGTTGTTTGGTCGTGGAAAAGAGGAGCAAAAAGTTGTTAAAGTGGAAAAATGATAAAAAAGTAAGATTATTATATTACATTTTAACATATTAATTTTTGTTGTCTTTAAGAAATGATATCTCTTTTTGTAATAATTCTTTg > 2:2964861/4‑150 (MQ=1) gtatGGTCGTGGAAAAGTGGAGCAAAATGTTGTTAAAGTGGAAAAATGATAAAAAAGTAAGTTTATTATATTACATTTTACCATTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTCTTTGTTATCCAGCCatg > 1:2089445/4‑150 (MQ=1) tGGTCGTGGAAAAGTGGAGCAAAATGTTGTTAAAGTGGAGAAATGATAAAAAAGTAAGTTTATTATATTACATTTTACCATTTAAATTTTGGTTGTCTTTAAGAACTGATATCGCTGTTTGTAATAATTCTTTGTTATCCAGCCatgatg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |