Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,441,941 | G→T | 11.7% | E56* (GAA→TAA) | feaB → | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,441,941 | 0 | G | T | 11.7% | 1052.7 / 72.3 | 319 | E56* (GAA→TAA) | feaB | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (145/136); new base T (21/17); total (166/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
TAGCAGTATTAAGCCAGGTCCAACAGTTTCTCGATCGTCAACACGGTCTTTATATTGATGGTCGTCCTGGCCCCGCACAAAGTGAAAAACGGTTGGCGATCTTTGATCCGGCCACCGGGCAAGAAATTGCGTCTACTGCTGATGCCAACGAAGCGGATGTAGATAACGCAGTCATGTCTGCCTGGCGGGCCTTTGTCTCGCGTCGCTGGGCCGGGCGATTACCCGCAGAGCGTGAACGTATTCTGCTACGTTTTGCTGATCTGGTGGAGCAGCACAGTGAGGAGCTGGCGCAACTGGAA > CP009273/1441792‑1442090 | tAGCAGTATTAAGCCAGGTCCAACAGTTTCTCGATCGTCAACACGGTCTTTATATTGATGGTCGTCCTGGCCCCGCACAAAGTGAAAAACGGTTGGCGATCTTTGATCCGGCCACCGGGCAAGAAATTGCGTCTACTGCTGATGCCAACg < 1:1907445/150‑1 (MQ=255) aGTATTAAGCCAGGTCCAACAGTTTCTCGATCGTCAACACGGTCTTTATATTGATGGTCGTCCTGGCCCCGCACAAAGTGAAAAACGGTTGGCGATCTTTGATCCGGCCACCGGGCAAGAAATTGCGTCTACTGCTGATGCCAACTAAGc > 1:3405441/1‑150 (MQ=255) aGTATTAAGCCAGGTCCAACAGTTTCTCGATCGTCAACACGGTCTTTATATTGATGGTCGTCCTGGCCCCGCACAAAGTGAAAAACGGTTGGCGATCTTTGATCCGGCCACCGGGCAAGAAATTGCGTCTACTGCTGATGCCAACGAAGc > 2:4350463/1‑150 (MQ=255) 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tCTACTGCTGATGCCAACGAAGCGGATGTAGATAACGCAGTCATGTCTGCCTGGCGGGCCTTTGTCTCGCGTCGCTGGGCCGGGCGATTACCCGCAGAGCGTGAACGTATTCTGCTACGTTTTGCTGATCTGGTGGAGCAGCACAGTgag < 2:5184384/150‑1 (MQ=255) cTACTGCTGATGCCAACGAAGCGGATGTAGATAACGCAGTCATGTCTGCCTGGCGGGCCTTTGTCTCGCGTCGCTGGGCCGGGCGATTACCCGCAGAGCGTGAACGTATTCTGCTACGTTTTGCTGATCTGGTGGAGCAGCACAGTgagg < 1:1698629/150‑1 (MQ=255) aCTGCTGATGCCAACTAAGCGGATGTAGATAACGCAGTCATGACTGCCTGGCGGGCCTTTGTCTCGCGTCGCTGGGCCGGGCGATTACCCGCAGAGCGTGAACGTATTCTGCTACGATATGCTGATCTGGTGGAGCAGCACAGTgaggag > 1:521026/1‑150 (MQ=255) aCTGCTGATGCCAACGAAGCGGATGTAGATAACGCAGTCATGTCTGCCTGGCGGGCCTTTGTCTCGCGTCGCTGGGCCGGGCGATTACCCGCAGAGCGTGAACGTATTCTGCTACGTTTTGCTGATCTGGTGGAGCAGCACAGTgaggag > 2:3181002/1‑150 (MQ=255) tgctgATGCCAACGAAGCGGATGTAGATAACGCAGTCATGTCTGCCTGGCGGGCCTTTGTCTCGCGTCGCTGGGCCGGGCGATTACCCGCAGAGCGTGAACGTATTCTGCTACGTTTTGCTGATCTGGTGGAGCAGCACAGTGAGGAGCt < 2:423177/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |