| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,461,872 | G→T | 60.9% | pseudogene (2224/2513 nt) | ydbA → | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,461,872 | 0 | G | T | 60.9% | 116.3 / inf | 330 | pseudogene (2224/2513 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (69/60); new base T (109/92); total (178/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |