| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,557,390 | G→T | 11.0% | intergenic (‑57/+201) | ddpX ← / ← dosP | D‑ala‑D‑ala dipeptidase, Zn‑dependent/oxygen sensor, c‑di‑GMP phosphodiesterase, heme‑regulated; cold‑ and stationary phase‑induced bioflim regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,557,390 | 0 | G | T | 11.0% | 1177.2 / 73.8 | 352 | intergenic (‑57/+201) | ddpX/dosP | D‑ala‑D‑ala dipeptidase, Zn‑dependent/oxygen sensor, c‑di‑GMP phosphodiesterase, heme‑regulated; cold‑ and stationary phase‑induced bioflim regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (156/157); new base T (12/27); total (168/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 382 total aligned reads displayed.
ACCTGTGATGTTATCAGCGCAGGCGTATTTCAATTCGATCTCCAGATCAGGGAAGATTACGGCTAAATCAACCAGTTCGGTGGTATCCGACATAAACGGTTCCTGTATAAGACAAAAATTGCTGCGCTTTCCGCTTATGCAGATCTCATGCCATGCCGGGATAAGCGCCAGAATGCTGGCTTAAAGTTATATTTTTTAACTTTTGATCAACATTTGTGCAGCGTAGTGCAGTTTTGGTGCAAGAGGGGAAGTTAAGGAAGGAATCTCCCGGAATCGTAGCTGAAATCACAGTATTTAAG > CP009273/1557241‑1557539 | aCCTGTGATGTTATCAGCGCAGGCGTATTTCAATTCGATCTCCAGATCAGGGAAGATTACGGCTAAATCAACCAGTTCGGTGGTATCCGACATAAACGGTTCCTGTATAAGACAAAAATTGCTGCGCTTTCCGCTTATGCAGATCTcatg > 1:4888916/1‑150 (MQ=255) tgtgATGTTATCAGCGCAGGCGTATTTCAATTCGATCTCCAGATCAGGGAAGATTACGGCTAAATCAACCAGTTCGGTGGTATCCGACATAAACGGTTCCTGTATAAGACAAAAATTGCTGCGCTTTCCGCTTATGCAGATCTcatgcca < 1:2619308/150‑1 (MQ=255) gtgATGTTATCAGCGCAGGCGTATTTCAATTCGATCTCCAGATCAGGGAAGATTACGGCTAAATCAACCAGTTCGGTGGTATCCGACATAAACGGTTCCTGTATAAGACAAAAATTGCTGCGCTTTCCGCTTATGCAGATCTcatgccat > 1:3129735/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |