| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,570,826 | C→A | 100% | D351Y (GAC→TAC) | yddB ← | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,570,826 | 0 | C | A | 99.4% | 1044.1 / ‑2.4 | 317 | D351Y (GAC→TAC) | yddB | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (153/162); total (154/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
AAACATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGCTGGTAT > CP009273/1570679‑1570972 | aaaCATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAAt > 2:918318/1‑150 (MQ=255)aaaCATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAAt < 2:4152938/150‑1 (MQ=255) aaCATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATg < 2:833289/150‑1 (MQ=255) aCATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGa > 1:4265028/1‑150 (MQ=255) cATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGAt < 2:2341623/150‑1 (MQ=255) aTTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATc < 1:1481920/150‑1 (MQ=255) aTTACACACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCTCCACGGGTGCTACGCACTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGTTc < 2:2515361/150‑1 (MQ=255) tACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGt < 1:279923/150‑1 (MQ=255) ccACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGAc > 1:2308529/1‑150 (MQ=255) cACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACg < 1:1889118/150‑1 (MQ=255) ggCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGt < 2:4478470/150‑1 (MQ=255) gAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGtata < 1:2037697/150‑1 (MQ=255) aaTTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATaa > 2:651225/1‑150 (MQ=255) ttttGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATAGTGACGGGTATAATCa < 1:3411637/150‑1 (MQ=255) ttGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACt < 1:2710989/150‑1 (MQ=255) ccAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAat < 2:3553122/150‑1 (MQ=255) ccAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAat < 2:5222441/150‑1 (MQ=255) cAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAata > 2:3943351/1‑150 (MQ=255) aGTCCAGGCGTGTTTTGTAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAatat < 2:5001119/150‑1 (MQ=255) aGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAatat < 2:2015292/150‑1 (MQ=255) aGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAatat < 2:1266822/150‑1 (MQ=255) aGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAatat > 1:4231119/1‑150 (MQ=255) gTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATg < 1:1592366/150‑1 (MQ=255) gTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATg > 1:5264962/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGAt < 1:2811074/150‑1 (MQ=255) agacGTGTATTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCTCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGAAGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATcc > 2:1963558/4‑150 (MQ=255) aGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATAATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATcc > 2:328378/1‑150 (MQ=255) cGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCccaa > 1:1030911/1‑150 (MQ=255) gtgtTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCccaac > 2:226616/1‑150 (MQ=255) ttGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACg < 2:4223101/150‑1 (MQ=255) ttGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACg < 1:3340450/150‑1 (MQ=255) tGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACgg > 1:4564854/1‑150 (MQ=255) gAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACggt < 2:3160764/150‑1 (MQ=255) 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cGGTGTACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATACTCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGa < 1:5072159/150‑1 (MQ=255) gtgtACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAg > 1:940164/1‑150 (MQ=255) gtACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGt < 2:4793235/150‑1 (MQ=255) tACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTg > 1:2084715/1‑150 (MQ=255) tACCAGATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTg < 1:2003704/150‑1 (MQ=255) 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gATGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGCTGGt > 1:3803614/1‑150 (MQ=255) aTGTAATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGCTGGta < 1:4470593/150‑1 (MQ=255) | AAACATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTATTACCCATTTCGCGATCAGACTGCGGGAAGGTGCTGGTAT > CP009273/1570679‑1570972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |