| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,571,658 | C→A | 25.8% | A73A (GCG→GCT) | yddB ← | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,571,658 | 0 | C | A | 25.8% | 727.9 / 192.7 | 325 | A73A (GCG→GCT) | yddB | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (135/106); new base A (46/38); total (181/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
GACTCATTCGCTGGGTTCAGGTTATTAGTTGCACTAATACCGTCAATCAAATAGGCATTCTGGTAGGGCGACGCACCGTGAATAGAGATTTTCTCAGGGCGAATATCTCCCTGGTTCAACGAGGTACTTTGCGTTGAATCCATGCGTACCGCAGGGTTGGTTCTCAGCAGATCGCTGATATTGCCATTCCCGGTCGGTAAACGCTCGATGCTTTCACTGGTGTAATGCGTGTTGCCGTTTACGGGTACAGGGACAGGAGCATAGACCGTCATCTCTTCAAAAAAATGCATGTACATGTT > CP009273/1571509‑1571807 | gACTCATTCGCTGGGTTCAGGTTATTAGTTGCACTAATACCGTCAATCAAATAGGCATTCTGGTAGGGCGACGCACCGTGAATAGAGATTTTCTCAGGGCGAATATCTCCCTGGTTCAACGAGGTACTTTGCGTTGAATCCATGCGTAcc > 2:4291834/1‑150 (MQ=255) aTTCGCTGGGTTCAGGTTATTAGTTGCACTAATACCGTCAATCAAATAGGCATTCTGGTAGGGCGACGCACCGTGAATAGAGATTTTCTCAGGGCGAATATCTCCCTGGTTCAACGAGGTACTTTGCGTTGAATCCATGCGTACCGCAgg > 2:3031734/1‑150 (MQ=255) aTTCGCTGGGTTCAGGTTATTAGTTGCACTAATACCGTCAATCAAATAGGCATTCTGGTAGGGCGACGCACCGTGAATAGAGATTTTCTCAGGGCGAATATCTCCCTGGTTCAACGAGGTACTTTGCGTTGAATCCATGCGTACAGCAgg > 2:4064005/1‑150 (MQ=255) 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caaATAGGCATTCTGGTAGGGCGACGCACCGTGAATAGAGATTTTCTCAGGGCGAATATCTCCCTGGTTCAACGAGGTACTTTGCGTTGAATCCATGCGTACCGCAGGGTTGGTTCTCAGCAGATCGCTGATATTGCCATTCCcggtcgg > 2:1382294/1‑150 (MQ=255) aaaTAGGCATTCTGGTAGGGCGACGCACCGTGAATAGAGATTTTCTCAGGGCGAATATCTCCCTGGTTCAACGAGGTACTTTGCGTTGAATCCATGCGTACCGCAGGGTTGGTTCTCAGCAGATCGCTGATATTGCCATTCCcggtcggt > 2:3884929/1‑150 (MQ=255) aaaTAGGCATTCTGGTAGGGCGACGCACCGTGAATAGAGATTTTCTCAGGGCGAATATCTCCCTGGTTCAACGAGGTACTTTGCGTTGAATCCATGCGTACCGCAGGGTTGGTTCTCAGCAGATCGCTGATATTGCCATTCCcggtcggt > 1:2109100/1‑150 (MQ=255) aTAGGCATTCTGGTAGGGCGACGCACCGTGAATAGAGATTTTCTCAGGGCGAATATCTCCCTGGTTCAACGAGGTACTTTGCGTTGAATCCATGCGTACAGCAGGGTTGGTTCTCAGCAGATCGCTGATATTGCCATTCCCGGTCGGTaa > 1:4323271/1‑150 (MQ=255) aGGCATTCTGGTAGGGCGACGCACCGTGAATAGAGATTTTCTCAGGGCGAATATCTCCCTGGTTCAACGAGGTACTTTGCGTTGAATCCATGCGTACCGCAGGGTTGGTTCTCAGCAGATCGCTGATATTGCCATTCCCGGTCGGTAAAc < 2:2154845/150‑1 (MQ=255) 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tACCGCAGGGTTGGTTCTCAGCAGATCGCTGATATTGCCATTCCCGGTCGGTAAACGCTCGATGCTTTCACTGGTGTAATGCGTGTTGCCGTTTACGGGTACAGGGACAGGAGCATAGACCGTCATCTCTTCAAAAAAATGCATGTACAt < 1:207483/150‑1 (MQ=255) cGCAGGGTTGGTTCTCAGCAGATCGCTGATATTGCCATTCCCGGTCGGTAAACGCTCGATGCTTTCACTGGTGTAATGCGTGTTGCCGTTTACGGGTACAGGGACAGGAGCATAGACCGTCATCTCTTCAAAAAAATGCATGTACATGtt > 1:3669713/1‑150 (MQ=255) | GACTCATTCGCTGGGTTCAGGTTATTAGTTGCACTAATACCGTCAATCAAATAGGCATTCTGGTAGGGCGACGCACCGTGAATAGAGATTTTCTCAGGGCGAATATCTCCCTGGTTCAACGAGGTACTTTGCGTTGAATCCATGCGTACCGCAGGGTTGGTTCTCAGCAGATCGCTGATATTGCCATTCCCGGTCGGTAAACGCTCGATGCTTTCACTGGTGTAATGCGTGTTGCCGTTTACGGGTACAGGGACAGGAGCATAGACCGTCATCTCTTCAAAAAAATGCATGTACATGTT > CP009273/1571509‑1571807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |