| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,586,960 | C→A | 15.2% | pseudogene (5285/5323 nt) | yneO ← | pseudogene, AidA homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,586,960 | 0 | C | A | 15.2% | 1018.6 / 104.0 | 342 | pseudogene (5285/5323 nt) | yneO | pseudogene, AidA homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (145/144); new base A (28/25); total (173/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
TGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAGCTATATTTCACTCCCAGCATGCCCTGAGTATCGCTATAGCCTTTATCACCTAGTTGCACACCGACATTCCCCCACAGGCTAAGGTTGTTATTTACTTTCGCCTCAACCCCGGTACGTACTTCACCGAGATTACGCGCACCTTCACGGCCTACGGTTTGACCATTCATCTTCACGGCGTAG > CP009273/1586811‑1587108 | gATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTTAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAGCTATATTTCACTCCCAGCATGCCCTGAGTATCGCt < 2:2592759/150‑1 (MQ=255) gATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTTAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAGCTATATTTCACTCCCAGCATGCCCTGAGTATCGCt > 1:1640214/1‑150 (MQ=255) gATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTTAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAGCTATATTTCACTCCCAGCATGCCCTGAGTATCGCt > 1:2365273/1‑150 (MQ=255) 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tATCGCTATAGCCTTTATCACCTAGTTGCACACCGACATTCCCCCACAGGCTAAGGTTGTTATTTACTTTCGCCTCAACCCCGGTACGTACTTCACCGAGATTACGCGCACCTTCACGGCCTACGGTTTGACCATTCATCTTCACGGCGt > 1:4638927/1‑150 (MQ=255) tCGCTATAGCCTTTATCACCTAGTTGCACACCGACATTCCCCCACAGGCTAAGGTTGTTATTTACTTTCGCCTCAACCCCGGTACGTACTTCACCGAGATTACGCGCACCTTCACGGCCTACGGTTTGACCATTCATCTTCACGGCGTAg < 2:5293863/150‑1 (MQ=255) | TGCGATATCCGCGATCGCGGATAAAAAGGAGGATTTAAATAAGGCGTTGATGCGCCGTTTGAAGTCGGCAATATTAAGCCGCATGCCATCTCGACATGCGGCTTATACGGTTTACCAGCTATATTTCACTCCCAGCATGCCCTGAGTATCGCTATAGCCTTTATCACCTAGTTGCACACCGACATTCCCCCACAGGCTAAGGTTGTTATTTACTTTCGCCTCAACCCCGGTACGTACTTCACCGAGATTACGCGCACCTTCACGGCCTACGGTTTGACCATTCATCTTCACGGCGTAG > CP009273/1586811‑1587108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |