| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,631,894 | C→T | 11.8% | S49N (AGC→AAC) | gnsB ← | Qin prophage; multicopy suppressor of secG(Cs) and fabA6(Ts) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,631,894 | 0 | C | T | 11.8% | 1266.7 / 113.6 | 416 | S49N (AGC→AAC) | gnsB | Qin prophage; multicopy suppressor of secG(Cs) and fabA6(Ts) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (189/177); new base T (31/18); total (221/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 418 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |