Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,641,167 | 0 | A | T | 62.5% | 344.1 / inf | 362 | intergenic (+173/+264) | flxA/intK | Qin prophage; uncharacterized protein/pseudogene, integrase fragment, Qin prophage;Phage or Prophage Related |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/61); new base T (118/108); total (193/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
CGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAGCGCG > CP009273/1641020‑1641314 | cgtgCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGAGATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTATCATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCATTTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGTCAACCCATGATCTAt < 1:4189605/147‑1 (MQ=255) cGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTAt < 1:1777110/150‑1 (MQ=255) cGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTAt < 2:5055392/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |