| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,642,135 | C→T | 100% | intergenic (‑28/‑56) | dicC ← / → dicA | Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/Qin prophage; putative regulator for DicB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,642,135 | 0 | C | T | 98.7% | 1032.8 / 1.4 | 312 | intergenic (‑28/‑56) | dicC/dicA | Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/Qin prophage; putative regulator for DicB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base T (174/134); total (176/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
CGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCTGA > CP009273/1641988‑1642281 | cgcgcgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaatta < 2:72639/150‑1 (MQ=255)cgcgcgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaatta < 2:3101747/150‑1 (MQ=255)cgcgcgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaatta < 2:421362/150‑1 (MQ=255) gcgcgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaattaa > 2:1193178/1‑150 (MQ=255) gcgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCGGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACa < 1:3085179/150‑1 (MQ=255) cgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCGGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACaa > 2:5009081/1‑150 (MQ=255) cgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCGGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACaa > 2:4866585/1‑150 (MQ=255) cgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCGGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATAGTTAGTCATAATTAACaa > 2:3843112/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |