| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,659,882 | C→A | 63.1% | S104* (TCG→TAG) | clcB → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,659,882 | 0 | C | A | 63.1% | 158.1 / inf | 298 | S104* (TCG→TAG) | clcB | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/48); new base A (97/91); total (159/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
GCTAACTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCG > CP009273/1659733‑1660028 | tAACTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGc > 2:1486153/1‑150 (MQ=255) tAACTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGAGGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGc > 2:4959096/1‑150 (MQ=255) aaCTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCt < 1:1185662/150‑1 (MQ=255) cGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCct < 1:4915768/150‑1 (MQ=255) gcgcTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCctct < 2:2525795/150‑1 (MQ=255) cTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTctg < 1:3082410/150‑1 (MQ=255) ggcggACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTctgctg < 1:3193818/150‑1 (MQ=255) ggcggACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTctgctg > 1:1404350/1‑150 (MQ=255) ggcggACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTctgctg > 1:2477261/1‑150 (MQ=255) ggACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGgta < 2:3692542/150‑1 (MQ=255) ggACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGgta > 1:541856/1‑150 (MQ=255) gACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGgtag > 1:4498964/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTaa < 1:1161441/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTaa > 2:4115677/1‑150 (MQ=255) gcggcgGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAAcc < 2:2462383/150‑1 (MQ=255) gcggcgGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAAcc < 1:1654764/150‑1 (MQ=255) cggcggGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACACCGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCa < 1:2466766/150‑1 (MQ=255) cggcggGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCa > 2:3945370/1‑150 (MQ=255) cggcggGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCa > 1:1886854/1‑150 (MQ=255) ggcggGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAg > 1:2200336/1‑150 (MQ=255) gggTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCTCCGACCGAGTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGATCGATTAAGCAGCAAGCCTGCTTAAATCGCTTGACTCTCTGCTGGAAGTAACCATCgg > 2:4326940/1‑150 (MQ=255) gggTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCgg > 2:3097926/1‑150 (MQ=255) ttgttgCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGt < 1:982076/150‑1 (MQ=255) 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ggCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGAAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTcgc > 1:475329/1‑150 (MQ=255) tGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGaa > 1:3912364/1‑150 (MQ=255) gCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCTATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAgg < 1:1004103/150‑1 (MQ=255) gCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGATCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAgg > 2:4762211/1‑150 (MQ=255) cAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGt < 2:3079274/150‑1 (MQ=255) 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aaaTAGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGcc > 1:280594/1‑150 (MQ=255) aaTCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCcg > 1:335449/1‑150 (MQ=255) | GCTAACTCCGGCGCTCGGCGGACTGGCGGCGGGTTTGTTGCTGATGGGCTGGCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCG > CP009273/1659733‑1660028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |