Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,672,843 | A→T | 7.4% | K54* (AAA→TAA) | ydgH → | DUF1471 family periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,672,843 | 0 | A | T | 7.4% | 844.8 / 4.8 | 302 | K54* (AAA→TAA) | ydgH | DUF1471 family periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/201); new base T (20/2); total (99/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.59e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
AGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGCAGAAGAAACAAGTAATCGCGTA > CP009273/1672694‑1672992 | gAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGaa < 1:3516383/150‑1 (MQ=255) gAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGaa < 2:4341913/150‑1 (MQ=255) aaCACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGaaa > 2:3450469/1‑150 (MQ=255) 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cTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGCagaag < 1:18573/150‑1 (MQ=255) tGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGCAGAAGAAAc < 2:3986219/150‑1 (MQ=255) tGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGCAGAAGAAAc > 1:2331928/1‑150 (MQ=255) tGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGCAGAAGAAAc < 1:179588/150‑1 (MQ=255) tGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGCAGAAGAAAc < 1:4743620/150‑1 (MQ=255) 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ggTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGCAGAAGAAACAAGTAATcg < 2:2292331/150‑1 (MQ=255) gTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGCAGAAGAAACAAGTAATcgc > 1:4697556/1‑150 (MQ=255) | AGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGCAGAAGAAACAAGTAATCGCGTA > CP009273/1672694‑1672992 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |