| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,733,201 | A→C | 6.0% | L285L (CTT→CTG) | ydhB ← | LysR family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,733,201 | 0 | A | C | 6.0% | 666.7 / 7.7 | 265 | L285L (CTT→CTG) | ydhB | LysR family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (111/132); new base C (2/20); total (113/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.70e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TCTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAGCAACCAGGTTAACGCAGGCGACATATCATTTTGCTGCCATGTCAGACAACATGCCGAATCCGGAAAGGGGTTTTCCAGTTCTAATGCTACCCACTTCCCCTCATTAAGCCACGGTTTGGCGAAATGTGTTGGCACCATCCCTATGCA > CP009273/1733052‑1733350 | tATTGATGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAg < 1:3230133/150‑1 (MQ=255) tATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAg < 2:1532293/150‑1 (MQ=255) aTTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATAGCCGAGATACTCAAGc > 2:2477483/1‑150 (MQ=255) 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aTCCGCGCTTTATTGAACGCCGCTCGGTGGCTGACGGCCCTTTCCGCGAATATCGTCTTTAATCACCGGTTGCGGTAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAGCAACCAGGTTa < 1:992649/150‑1 (MQ=255) aTCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCTTTAAACACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCCCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAGCAACCAGGTTa < 1:1019027/150‑1 (MQ=255) aTCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAGCAACCAGGtga > 2:50084/1‑148 (MQ=255) ccGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAGCAACCAGGTTAAc < 2:2858511/150‑1 (MQ=255) ccGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAGCAACCAGGTTAAc > 2:2326156/1‑150 (MQ=255) 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agaTACTCAAGCAACCAGGTTAACGCAGGCGACATATCATTTTGCTGCCATGTCAGACAACATGCCGAATCCGGAAAGGGGTTTTCCAGTTCTAATGCTACCCACTTCCCCTCATTAAGCCACGGTTTGGCGAAATGTGTTGGCACCATc > 1:5326236/1‑150 (MQ=255) aCTCAAGCAACCAGGTTAACGCAGGCGACATATCATTTTGCTGCCATGTCAGACAACATGCCGAATCCGGAAAGGGGTTTTCCAGTTCTAATGCTACCCACTTCCCCTCATTAAGCCACGGTTTGGCGAAATGTGTTGGCACCATCCCTa > 1:1486456/1‑150 (MQ=255) | TCTATTGAAGTGCATCCGCGCTTGATTGAACGCCGCTCCGTGGCTGACGGCCCGTTCCGCGACTATCGTCGTTAATCACCCGTTGCGGGAGTCTCTTCCGGCTCCCGCAGCCACTCCTTATTCAGCGTCTCACTATCGCCGAGATACTCAAGCAACCAGGTTAACGCAGGCGACATATCATTTTGCTGCCATGTCAGACAACATGCCGAATCCGGAAAGGGGTTTTCCAGTTCTAATGCTACCCACTTCCCCTCATTAAGCCACGGTTTGGCGAAATGTGTTGGCACCATCCCTATGCA > CP009273/1733052‑1733350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |