| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,819,892 | C→A | 56.1% | intergenic (‑10/+320) | spy ← / ← astE | periplasmic ATP‑independent protein refolding chaperone, stress‑induced/succinylglutamate desuccinylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,819,892 | 0 | C | A | 56.1% | 14.5 / inf | 346 | intergenic (‑10/+320) | spy/astE | periplasmic ATP‑independent protein refolding chaperone, stress‑induced/succinylglutamate desuccinylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (81/71); new base A (86/108); total (167/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
TGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGTGGTGTCTGCGGCATGGGCCAGGTTAGCCGCGCCAAGAGCCAGGGTAGAGGCAACAAACAGTGCAGTTAATTTACGCATATTCTATATCCTTCCTTTCAGTTATTTATTACGGCTTTCTTAAGTAGCGTGCCGTGTTGACGAGATTAACTTTACTGACTTTAGCGTCAATTAATCAGAGCAACGGTAAAACAATGAAAGTGTAAAAAACACTTTTGCGCCAATTATGGAGAAAAAAAG > CP009273/1819743‑1820041 | ggACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGTGGTGTCTGCGGCATGGGCCAGGTTAGCCGCGCCAAGAGCCAGGGTAGAGGCAACAAACAGTGCAGTTAATTTACGCATATTCTATAtcctt > 1:3355375/1‑150 (MQ=255) aCCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGTGGTGTCTGCGGCATGGGCCAGGTTAGCCGCGCCAAGAGCCAGGGTAGAGGCAACAAACAGTGCAGTTAATTTACGCATATTCTATAtccttcc < 1:1153496/150‑1 (MQ=255) gAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGTGGTGTCTGCGGCATGGGCCAGGTTAGCCGCGCCAAGAGCCAGGGTAGAGGCAACAAACAGTGCAGTTAATTTACGCATATTCTATATCCTTCCttt < 2:155980/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |