| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 167,932 | G→T | 13.8% | A291S (GCC→TCC) | fhuD → | iron‑hydroxamate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 167,932 | 0 | G | T | 13.8% | 948.6 / 77.8 | 303 | A291S (GCC→TCC) | fhuD | iron‑hydroxamate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (117/143); new base T (20/22); total (138/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
ACAACAGCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCTGGTCGCCGG > CP009273/167783‑168081 | aacaGCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGcc > 1:4758224/1‑150 (MQ=255) aGCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATc > 2:3863183/1‑150 (MQ=255) aGCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATc < 1:35926/150‑1 (MQ=255) gCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCg < 2:1694774/150‑1 (MQ=255) cAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCGGGATAACGCCATCgg > 2:5030897/1‑150 (MQ=255) aaaGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGGTCTGGATAACGCCCTCGGa > 1:1819856/1‑150 (MQ=255) aaaGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGGACCAGCAGTCTGGGTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAAAGCACTTTGTGCGCGGTCTGGATAACGCCATCGGa > 1:1851286/1‑150 (MQ=255) aaGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAg > 2:1068645/1‑150 (MQ=255) aCATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTa > 1:140574/1‑150 (MQ=255) aCATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTa < 1:3423906/150‑1 (MQ=255) cATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTaa < 2:4934455/150‑1 (MQ=255) tGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAANg < 1:4286677/150‑1 (MQ=255) ggATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGGTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACGTTGTGCGCGGTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGc > 2:53963/1‑150 (MQ=255) gcgcTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGa < 2:4041626/150‑1 (MQ=255) cgcTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAg < 2:3220148/150‑1 (MQ=255) cgcTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAg < 2:1858348/150‑1 (MQ=255) cgcTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAg < 2:4481813/150‑1 (MQ=255) cTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTa > 2:744433/1‑150 (MQ=255) cTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTa > 2:2726458/1‑150 (MQ=255) aaTGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTaaa > 2:1605085/1‑150 (MQ=255) ggCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGa > 2:3011524/1‑150 (MQ=255) gCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGaa > 2:1990457/1‑150 (MQ=255) aaCGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAAtt < 2:3713441/150‑1 (MQ=255) 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cgcTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGCTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCt < 1:3187536/150‑1 (MQ=255) gcTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCtt > 2:3808395/1‑150 (MQ=255) gcTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCtt < 2:1919747/150‑1 (MQ=255) gcTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCtt < 2:730328/150‑1 (MQ=255) cAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCgg > 2:1637859/1‑150 (MQ=255) 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gTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGGGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTg > 1:4094736/1‑150 (MQ=255) tCTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGcc < 1:3105754/150‑1 (MQ=255) cTGGATAACTCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCt < 2:2116640/150‑1 (MQ=255) cTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCt > 1:3985423/1‑150 (MQ=255) cTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCt < 1:2021001/150‑1 (MQ=255) 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cGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCTGGTCGCCg > 1:3319368/1‑150 (MQ=255) cGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCTGGTCGCCg < 2:586891/150‑1 (MQ=255) | ACAACAGCAAAGACATGGATGCGCTAATGGCAACGCCGCTGTGGCAGGCCATGCCGTTTGTCCGCGCCGGACGCTTTCAGCGCGTACCTGCAGTCTGGTTTTATGGTGCGACGCTCTCGGCAATGCACTTTGTGCGCGTTCTGGATAACGCCATCGGAGGTAAAGCGTGAGTAAACGAATTGCGCTTTTCCCGGCGTTATTGCTGGCGCTGTTAGTGATTGTCGCTACGGCGCTCACCTGGATGAACTTCTCGCAGGCGCTGCCGCGTAGCCAGTGGGCGCAGGCTGCCTGGTCGCCGG > CP009273/167783‑168081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |