| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 168,584 | A→T | 55.5% | L212F (TTA→TTT) | fhuB → | fused iron‑hydroxamate transporter subunits of ABC superfamily: membrane components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 168,584 | 0 | A | T | 55.5% | 128.2 / inf | 303 | L212F (TTA→TTT) | fhuB | fused iron‑hydroxamate transporter subunits of ABC superfamily: membrane components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/73); new base T (84/84); total (146/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
TTACTGGTTATCTTCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTAACCCTGATGGGGCTTGATGATGGCGTGGCGCGCAATCTCGGGCTGGCCTTGTCGCTTGCGCGTCTGGCAGCGCTGTCGCTGGCGATTGTCATCAGTGCGCTGCTGGTGAACGCTGTGGGGATTATCGGCTTTATCGGGTTGTTCGCGCC > CP009273/168435‑168733 | ttACTGGTTATCTTCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGATa > 2:2984993/1‑150 (MQ=255) tACTGGTTATCTTCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTaa > 1:5037634/1‑150 (MQ=255) aCTGGTTATCTTCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTTAc < 1:4038052/150‑1 (MQ=255) gTTATCTTCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTTACCCTg > 1:5218645/1‑150 (MQ=255) gTTATCTTCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTAACCCTg > 2:2468650/1‑150 (MQ=255) gTTATCTTCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTAACCCTg > 2:2776071/1‑150 (MQ=255) ttATCTTCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTTACCCTGa > 2:4388681/1‑150 (MQ=255) cTTCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTTACCCTGATggg > 1:86199/1‑150 (MQ=255) tCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTAACCCTGATGGGGc > 2:3143925/1‑150 (MQ=255) ccATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTTACCCTGATGGGGCt < 1:100144/150‑1 (MQ=255) ccATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTAACCCTGATGGGGCt > 2:3669829/1‑150 (MQ=255) catcatTAACAACTGCATAGCATGTTTCTGTGGATCACTGGATCGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCTGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTTACCCTGATGGGGCtt < 1:3000968/150‑1 (MQ=255) atGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTAACCCTGATGGGGCTtgatg < 2:3971285/150‑1 (MQ=255) 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gctgctACTTCGTCCGTTTACCCTGATGGGGCTTGATGATGGCGTGGCGCGCAATCTCGGGCTGGCCTTGTCGCTTGCGCGTCTGGCAGCGCTGTCGCTGGCGATTGTCATCAGTGCGCTGCTGGTGAACGCTGTGGGGATTATCGGCtt > 2:4446283/1‑150 (MQ=255) ctgctACTTCGTCCGTTTACCCTGATGGGGCTTGATGATGGCGTGGCGCGCAATCTCGGGCTGGCCTTGTCGCTTGCGCGTCTGGCAGCGCTGTCGCGGGCGAGTGTCATCCGTGCGCTGCGGGTGAACGCGGGGGGGATTATCGGCttt > 1:1496809/1‑150 (MQ=255) tgctACTTCGTCCGTTAACCCTGATGGGGCTTGATGATGGCGTGGCGCGCAATCTCGGGCTGGCCTTGTCGCTTGCGCGTCTGGCAGCGCTGTCGCTGGCGATTGTCATCAGTGCGCTGCTGGTGAACGCTGTGGGGATTATCGGCTTTa > 2:4720596/1‑150 (MQ=255) gctACTTCGTCCGTTAACCCTGATGGGGCTTGATGATGGCGTGGCGCGCAATCTCGGGCTGGCCTTGTCGCTTGCGCGTCTGGCAGCGCTGTCGCTGGCGATTGTCATCAGTGCGCTGCTGGTGAACGCTGTGGGGATTATCGGCTTTAt > 2:4232663/1‑150 (MQ=255) ctACTTCGTCCGTTTACCCTGATGGGGCTTGATGATGGCGTGGCGCGCAATCTCGGGCTGGCCTTGTCGCTTGCGCGTCTGGCAGCGCTGTCGCTGGCGATTGTCATCAGTGCGCTGCTGGTGAACGCTGTGGGGATTATCGGCTTTATc > 2:337589/1‑150 (MQ=255) 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gTTTACCCTGATGGGGCTTGATGATGGCGTGGCGCGCAATCTCGGGCTGGCCTTGTCGCTTGCGCGTCTGGCAGCGCTGTCGCTGGCGATTGTCATCAGTGCGCTGCTGGTGAACGCTGTGTGGATTATCGGCTTTATCGGGTTGTTcgc > 1:3400791/1‑150 (MQ=255) aaCCCTGATGGGGCTTGATGATGGCGTGGCGCGCAATCTCGGGCTGGCCTTGTCGCTTGCGCGTCTGGCAGCGCTGTCGCTGGCGATTGTCATCAGTGCGCTGCTGGTGAACGCTGTGGGGATTATCGGCTTTATCGGGTTGTTCGcgcc > 2:1732115/1‑150 (MQ=255) | TTACTGGTTATCTTCCATCATGACCAACTGCAAAGCATGTTTCTGTGGAGCACTGGAACGCTGACGCAAACCGACTGGGGCGGCGTTGAGCGTTTATGGCCGCAGCTGCTGGGCGGTGTGATGCTGACGTTGCTGCTACTTCGTCCGTTAACCCTGATGGGGCTTGATGATGGCGTGGCGCGCAATCTCGGGCTGGCCTTGTCGCTTGCGCGTCTGGCAGCGCTGTCGCTGGCGATTGTCATCAGTGCGCTGCTGGTGAACGCTGTGGGGATTATCGGCTTTATCGGGTTGTTCGCGCC > CP009273/168435‑168733 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |