| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,860,951 | A→C | 9.0% | intergenic (‑222/‑214) | mipA ← / → yeaG | scaffolding protein for murein synthesizing machinery/protein kinase, endogenous substrate unidentified; autokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,860,951 | 0 | A | C | 9.0% | 906.0 / 82.3 | 344 | intergenic (‑222/‑214) | mipA/yeaG | scaffolding protein for murein synthesizing machinery/protein kinase, endogenous substrate unidentified; autokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (176/137); new base C (19/12); total (195/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 349 total aligned reads displayed.
TTTACGTTTTCATTTTTTAAAGTAACTGTTTAATTTTCCTGACGCGGATGACACCGCGCTTACAGCCAAATGAATTTAGCGTTACTGGCGAGCCTGGTCTTTACATTAATTATGCAAAATTTATGGATGAGTTGTTGATATGCCATTGAAATTAAGAAAGCCGTGCAGGCAAGTTTTCCATTTGCCATCTACGCTTAATTTTGAAGGTGTATCACCGGGCACGTTGTTCTCATCGTCGATAAAATGGCATGAGAGTTGCTGTGTTTTAGCAAGAGACGTCGTTCAGTTTACCTCTTCCG > CP009273/1860802‑1861100 | tttACGTTTTCATTTTTTAAAGTAACTGTTTAATTTTCCTGACGCGGATGACACCGCGCTTACAGCCAAATGAATTTAGCGTTACTGGCGAGCCTGGTCTTTACATTAATTATGCAAAATTTATGGATGAGTTGTTGATATGCCATTGaa > 2:4094845/1‑150 (MQ=255) tACGTTTTCATTTTTTAAAGTAACTGTTTAATTTTCCTGACGCGGATGACACCGCGCTTACAGCCAAATGAATTTAGCGTTACTGGCGAGCCTGGTCTTTACATTAATTATGCAAAATTTATGGATGAGTTGTTGATATGCCATTGAAAt > 1:2896022/1‑150 (MQ=255) tACGTTTTCATTTTTTAAAGTAACTGTTTAATTTTCCTGACGCGGATGACACCGCGCTTACAGCCAAATGAATTTAGCGTTACTGGCGAGCCTGGTCTTTACATTAATTATGCAAAATTTATGGATGAGTTGTTGATATGCCATTGAAAt < 2:1656539/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |