| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,916,375 | G→T | 20.0% | intergenic (+102/‑3) | yebV → / → yebW | uncharacterized protein/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,916,375 | 0 | G | T | 20.0% | 834.4 / 135.6 | 313 | intergenic (+102/‑3) | yebV/yebW | uncharacterized protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (127/123); new base T (33/30); total (160/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
ACCCGTTACGATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGATTGAGGATTTT > CP009273/1916226‑1916524 | ccGTTACGATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGaa < 2:2438665/150‑1 (MQ=255) cGTTACGATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGaaa > 1:2186409/1‑150 (MQ=255) ttACGATCAACCATCTGCTGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAACAAGAACCCGTCGGCATGGCGTGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCAGTTGTAAAATCTCTCCTCAACATAACGGTACGGCAACACACTTCGGGGATGAAATg < 2:4338938/150‑1 (MQ=255) 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ggCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGgttg > 1:4267554/1‑150 (MQ=255) caccacACTTCGGGGATTAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGgttgtt > 2:1895447/1‑150 (MQ=255) accacACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGttt > 1:2779023/1‑150 (MQ=255) cacaCTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTc > 2:579249/1‑150 (MQ=255) acacTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTcc < 1:1599217/150‑1 (MQ=255) 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tGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGATTGAGGAttt < 1:358454/150‑1 (MQ=255) tGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGATTGAGGAttt < 2:356674/150‑1 (MQ=255) | ACCCGTTACGATCAACAATCTGATGCCTGGATTATGCGTCTTGCCTGATCCAAAAAGAACCCGTCGGCATGGCGGGTTATTTGTCCTGGTTATTCCCCCGTTGTAAAATCTCTCCTAAACTTAACGGTACGGCACCACACTTCGGGGATGAAATGTTCGCGCTGGTACTTTTTGTTTGCTACCTGGATGGCGGTTGTGAAGATATTGTTGTGGATGTCTACAACACGGAACAGCAGTGTCTTTATTCTATGAGCGATCAACGGATCCGCCAGGGCGGTTGTTTTCCGATTGAGGATTTT > CP009273/1916226‑1916524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |