| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,925,398 | C→A | 9.5% | A87A (GCC→GCA) | purT → | phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,925,398 | 0 | C | A | 9.5% | 1197.8 / 57.5 | 342 | A87A (GCC→GCA) | purT | phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (175/134); new base A (26/7); total (201/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
GTGATTGCCGTCGATCGCTATGCCGACGCACCAGCCATGCATGTCGCGCATCGCTCCCATGTCATTAATATGCTTGATGGTGATGCATTACGCCGTGTGGTTGAACTGGAAAAACCACATTATATCGTGCCGGAGATCGAAGCTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGTTTTGCCGATAG > CP009273/1925249‑1925547 | gATTGCCGTCGATCGCTATGCCGACGCACCAGCCATGCATGTCGCGCATCGCTCCCATGTCATTAATATGCTTGATGGTGATGCATTACGCCGTGTGGTTGAACTGGAAAAACCACATTATATCGTGCCGGAGATCGAAGCTATTGCCAc < 2:1925153/150‑1 (MQ=255) ttGCCGTCGATCGCTATGCCGACGCACCAGCCATGCATGTCGCGCATCGCTCCCATGTCATTAATATGCTTGATGGTGATGCATTACGCCGTGTGGTTGAACTGGAAAAACCACATTATATCGTGCCGGAGATCGAAGCTATTGCCACCg < 2:1904001/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGATCGCTATGCCGACGCACCAGCCATGCATGTCGCGCATCGCTCCCATGTCATTAATATGCTTGATGGTGATGCATTACGCCGTGTGGTTGAACTGGAAAAACCACATTATATCGTGCCGGAGATCGAAGCTATTGCCACCGat < 2:478826/150‑1 (MQ=255) 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gaTCGAAGCTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTa > 2:329205/1‑150 (MQ=255) gaTCGAAGCTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTa > 2:5092754/1‑150 (MQ=255) tCGAAGCTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATc < 1:2110604/150‑1 (MQ=255) gAAGCTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGt > 1:4474220/1‑150 (MQ=255) gAAGCTATTGCAACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGt > 1:4406000/1‑150 (MQ=255) aaGCTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGtt < 2:3516461/150‑1 (MQ=255) aaGCTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGtt < 1:1246283/150‑1 (MQ=255) aGCTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGttt > 1:2322776/1‑150 (MQ=255) gCTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGtttt < 1:4201897/150‑1 (MQ=255) cTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGTTTTg < 1:3962296/150‑1 (MQ=255) tATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGTTTTGc > 1:970801/1‑150 (MQ=255) cACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGTTTTGCCGATAg < 2:3192769/150‑1 (MQ=255) | GTGATTGCCGTCGATCGCTATGCCGACGCACCAGCCATGCATGTCGCGCATCGCTCCCATGTCATTAATATGCTTGATGGTGATGCATTACGCCGTGTGGTTGAACTGGAAAAACCACATTATATCGTGCCGGAGATCGAAGCTATTGCCACCGATATGCTGATCCAACTTGAAGAGGAAGGACTGAATGTTGTCCCCTGCGCTCGCGCAACGAAATTAACGATGAATCGCGAGGGTATCCGTCGCCTGGCGGCAGAAGAGCTGCAGCTGCCCACTTCCACTTATCGTTTTGCCGATAG > CP009273/1925249‑1925547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |