| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,945,085 | 0 | C | A | 7.5% | 1116.6 / 35.1 | 313 | intergenic (‑306/‑4) | aspS/yecD | aspartyl‑tRNA synthetase/isochorismatase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (141/147); new base A (7/18); total (148/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.90e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GTTACCACTTTATATCGGGCCTGAAATCAGACTCTACGCCAGTTTGCTATAAAGGTGTTGCCCGAACTCATAAAAATTAACAAAATTTGTCGTTCCGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCA > CP009273/1944936‑1945234 | ttACCACTTTATATCGGGCCTGAAATCAGACTCTACGCCAGTTTGCTATAAAGGTGTTGCCCGAACTCATAAAAATTAACAAAATTTGTCGTTCCGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCa > 2:229663/1‑150 (MQ=255) ttACCACTTTATATCGGGCCTGAAATCAGACTCTACGCCAGTTTGCTATAAAGGTGTTGCCCGAACTCATAAAAATTAACAAAATTTGTCGTTCCGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCa < 1:2750246/150‑1 (MQ=255) ccACTTTATATCGGGCCTGAAATCAGACTCTACGCCAGTTTGCTATAAAGGTGTTGCCCGAACTCATAAAAATTAACAAAATTTGTCGTTCCGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTa < 2:4782609/150‑1 (MQ=255) 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cATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGGCa > 1:2384053/1‑150 (MQ=255) cATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAAATTCGCGCCAGCGGTCa > 1:2195560/1‑150 (MQ=255) | GTTACCACTTTATATCGGGCCTGAAATCAGACTCTACGCCAGTTTGCTATAAAGGTGTTGCCCGAACTCATAAAAATTAACAAAATTTGTCGTTCCGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCA > CP009273/1944936‑1945234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |