Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,093,160 | 0 | A | C | 8.6% | 894.6 / 70.3 | 337 | intergenic (‑66/+183) | ugd/gnd | UDP‑glucose 6‑dehydrogenase/6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (113/194); new base C (10/19); total (123/214) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
TAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑AAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACG > CP009273/2093011‑2093309 | aaTGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAg < 2:3352197/150‑1 (MQ=255) cacaACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAACGTTTTa > 2:1590621/1‑150 (MQ=255) cacaACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTa > 2:3223580/1‑150 (MQ=255) 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tgTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAACGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATAttt < 1:4578354/150‑1 (MQ=255) ttttAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGc < 1:429430/150‑1 (MQ=255) aTCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaa < 1:435054/150‑1 (MQ=255) tGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑AAAAAAAAGcc > 1:1665025/1‑150 (MQ=255) aTAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑AAAAAAAAGCCCg > 1:4106939/1‑150 (MQ=255) 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aaGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑AAAAAAAAGCCCGGTGCAATATAc < 2:2938596/150‑1 (MQ=255) aGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑AAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACg > 1:1011669/1‑150 (MQ=255) | TAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTTGACAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑AAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACG > CP009273/2093011‑2093309 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |