| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,101,912 | T→G | 100% | E385A (GAG→GCG) | wzxB ← | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,101,912 | 0 | T | G | 98.8% | 1326.8 / ‑1.3 | 336 | E385A (GAG→GCG) | wzxB | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base G (164/168); total (166/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
AAACGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCTCTTTAAAAAGAGTTGTTAGCGGAAAAATCAACAACAAACTCAACAAACCCGCAGCGATTAAAATCTTACTGAATTCTTTCTTATAATTATGGGTCAGCATAACTTGAATGCCATAGACATTACTTAATGAAATAAGAAAAGGCAGA > CP009273/2101765‑2102058 | aaaCGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATcgct < 1:1029484/150‑1 (MQ=255)aaaCGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATcgct > 1:2729733/1‑150 (MQ=255) aaCGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCtt < 1:513208/150‑1 (MQ=255) aCGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCttt < 2:482300/150‑1 (MQ=255) cACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCTTTaaaa > 2:221222/1‑150 (MQ=255) aCCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCTTTaaaaa > 1:4563668/1‑150 (MQ=255) aaacaaacCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCTTTAAAAagag > 2:2878609/1‑150 (MQ=255) acaaacCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCTTTAAAAAGAgtt < 2:3902862/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |