Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,109,267 | A→T | 8.1% | I37I (ATT→ATA) | wcaM ← | colanic acid biosynthesis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,109,267 | 0 | A | T | 8.1% | 746.4 / 9.9 | 288 | I37I (ATT→ATA) | wcaM | colanic acid biosynthesis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (126/131); new base T (23/2); total (154/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CTTCCAAGAATGTGTAACGTTTTACCGGGAGGGATAAAGATGCCGGTGTTGATATTGTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAATGAGGCGATCCAGTCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTAACGCTTTGTCGGGCGGGAAGCGCGCGGGCGAAAGGGGTATGGAGGAAGGCAAGCGCCGAGCTTGCCGTCAGGAACGTGCGTCGGGAGAGTTTTTTAAATGGCATGCGTTCTCCTCTATAAAGCCTGCAGCAAGCTGGCGAGTT > CP009273/2109118‑2109416 | cTTCCAAGAATGTGTAACGTTTTACCGGGAGGGATAAAGATGCCGGTGTTGATATTGTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAATGAGGCGATCCAGTCGTGTGGGTTGTAGTCGTTa > 1:1782241/1‑150 (MQ=255) aGAATGTGTAACGTTTTACCGGGAGGGATAAAGATGCCGGTGTTGATATTGTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAATGAGGCGATCCAGTCGTGTGGGTTGTTGTCgttgttgttt > 1:4940132/1‑149 (MQ=255) aGAATGTGTAACGTTTTACCGGGAGGGATAAAGATGCCGGTGTTGATATTGTCACAAACCAATCCGGCAGGCACGACGACTGTTTGCCCTTCGCTGAAGGCTTGTTTAAATGAGGCGATCCAGTCGTGTGGGTTGTAGTCGTTAATGTTa > 2:2190145/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |