| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,139,910 | G→T | 100% | R1055L (CGA→CTA) | yegE → | putative diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,139,910 | 0 | G | T | 100.0% | 1177.6 / NA | 353 | R1055L (CGA→CTA) | yegE | putative diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (165/188); total (165/188) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
GCCAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCGACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTCGCG > CP009273/2139763‑2140055 | gCCAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTAc < 1:2426167/150‑1 (MQ=255) ccAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACt < 2:4639821/150‑1 (MQ=255) cAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTc < 2:4590830/150‑1 (MQ=255) gggCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGAt < 1:4741130/150‑1 (MQ=255) gggCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGAt > 1:1517308/1‑150 (MQ=255) ggCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATg > 1:390492/1‑150 (MQ=255) ggCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATg < 2:1454106/150‑1 (MQ=255) gcgATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGaaaa > 2:4874808/1‑150 (MQ=255) gATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACATGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAAcc > 2:4542306/1‑150 (MQ=255) tCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCAt < 2:5314939/150‑1 (MQ=255) tCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCAt < 2:3519928/150‑1 (MQ=255) cTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATc < 2:2137723/150‑1 (MQ=255) tGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCg < 2:5184398/150‑1 (MQ=255) 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aaGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCt < 2:2307045/150‑1 (MQ=255) cGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTGTTACCCTTAg > 1:1970798/1‑150 (MQ=255) gAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGTTGGTGAGTTATGCGCCTACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGt < 2:2401390/150‑1 (MQ=255) gAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGt < 1:3503544/150‑1 (MQ=255) gAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGt > 2:2701079/1‑150 (MQ=255) 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gATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGt < 2:609030/150‑1 (MQ=255) ttattCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGACACCCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGa < 2:1205137/150‑1 (MQ=255) ttattCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGa < 1:5135446/150‑1 (MQ=255) attCAGGGGCACGCTCAGCTACACGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCATAGGGATTGATTCGCGTTAAGGGAAAGGCGTCGCTGTGTTTTATGGTGTTGTGATTTGCGTTTCCCAACCCCAGGGTGTGCGGGGGaaa > 1:1079819/1‑149 (MQ=255) cAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCGTAGTGTTGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGGCGATCTGGTTTTTGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTTCTGGTGTAtagt > 1:5031238/1‑150 (MQ=255) aGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAAtagta < 1:3133218/150‑1 (MQ=255) ggggCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAAtagtag < 1:2182307/150‑1 (MQ=255) cGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTAttt < 1:168746/150‑1 (MQ=255) cGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTAttt < 1:1423900/150‑1 (MQ=255) gCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTc < 2:2987673/150‑1 (MQ=255) cTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTcg < 2:4228759/150‑1 (MQ=255) tCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTGTTACCCGTAGTGATGGTTACGCTTTATGGGCTCGGCGGCGGGGTGGTTTTTGGTGTGGTGTTTGGCGTTGGCCCACCGCAGGATTTGGTGGTGGATAGTATTTTTTTagc > 1:4959458/1‑150 (MQ=255) | GCCAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCGACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTCGCG > CP009273/2139763‑2140055 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |