Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,178,914 | G→T | 9.7% | intergenic (‑134/+89) | thiM ← / ← rcnR | hydoxyethylthiazole kinase/transcriptional repressor of rcnA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,178,914 | 0 | G | T | 9.7% | 775.7 / 6.7 | 258 | intergenic (‑134/+89) | thiM/rcnR | hydoxyethylthiazole kinase/transcriptional repressor of rcnA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/173); new base T (36/2); total (83/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.83e-19 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTA > CP009273/2178766‑2179061 | cagGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGc > 2:4963838/1‑150 (MQ=255) ggTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGGTgggg > 1:4063286/1‑147 (MQ=255) tCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGGTGAgatg > 2:1331683/1‑150 (MQ=255) cGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCgatga < 2:1047900/150‑1 (MQ=255) gACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTCCGCTGGCATTATCCAGATCTGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCgatgat < 2:2492926/150‑1 (MQ=255) gACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCgatgat < 1:1381586/150‑1 (MQ=255) aCTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATa < 2:2023560/150‑1 (MQ=255) gCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATc < 2:780640/150‑1 (MQ=255) gCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATc < 2:5309002/150‑1 (MQ=255) aTAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTCGATGATaaaaagc > 2:5170187/1‑146 (MQ=255) aGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCag < 1:4908336/150‑1 (MQ=255) gTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGGGGTGTTAAATAGCaga > 2:558597/1‑150 (MQ=255) gTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGGGGTTGGGGTGTTaaaaagcata > 1:1163761/1‑143 (MQ=255) tttGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGAGATGATAAAACGCataa > 2:4089322/1‑147 (MQ=255) gCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAgaggag < 1:1025698/150‑1 (MQ=255) cTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTCGATGTTAAATCGCAGtggagg > 2:1777540/1‑150 (MQ=255) ccTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGAt < 2:2743153/150‑1 (MQ=255) cTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGGTGCGTTGGTAAATCGCAGAGGGGGGTg > 1:3484343/1‑150 (MQ=255) cTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGGGGGGGTGGGGTGGTGAATAGCCGCGGAGGATg > 1:2942925/1‑150 (MQ=255) aTACCGTGAAGCAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAAt < 1:1217953/150‑1 (MQ=255) aaCGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTGGTTTATAAAAAGCAGATGAGGGTTGGAATGt > 1:2086513/1‑150 (MQ=255) tgtagcagCTATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCACTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTTTTTCTCAGCCTTCACGCTGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTTGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAg < 1:930110/144‑1 (MQ=255) aagaagCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAgcg < 2:4984917/150‑1 (MQ=255) aagaagCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGGGGTTGCGATGTTTAATCGCCGAGGAGGGGGGTACTGTACAgcg > 1:4787122/1‑150 (MQ=255) aagCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑c < 2:3519424/150‑1 (MQ=255) aagCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑c < 2:2412904/150‑1 (MQ=255) aagCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTGGATGATAAATAGCAGAGGAGGATGGTGATGTGCAGCGCA‑c > 1:3705001/1‑150 (MQ=255) cAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTGGTTGATAAAAAGGAGATGTGGTTTGTTATGTGCAGAGCA‑cgcg > 1:5023880/1‑150 (MQ=255) aaTGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGGGGTTGAGATTAAAAATAGCAGAGGAGGATTGTAAAATCCAGAGCA‑cgccg > 1:3293179/1‑148 (MQ=255) tGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTg < 1:4488717/150‑1 (MQ=255) tGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTg < 1:2542629/150‑1 (MQ=255) tggtggTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAAc < 2:3113209/150‑1 (MQ=255) tggtggTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAAc < 1:772138/150‑1 (MQ=255) tggtCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑g < 2:1342596/150‑1 (MQ=255) tggtCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑g < 2:3059024/150‑1 (MQ=255) ggtCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑gg < 2:1136743/150‑1 (MQ=255) ggtCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTGGGTTGTAAATAGCAGAGGAGGTTTGTTATGTGCCGCGCA‑CCCCGTGTAAACCA‑gg > 1:4680495/1‑150 (MQ=255) cGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGaaaa < 1:1317483/150‑1 (MQ=255) gTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGaaaaa < 2:4509650/150‑1 (MQ=255) gTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTGGTTTATAAAAAGCACAGGAGGGTGGTTATTTACAGCGCACCCCGTTTTAAAC‑A‑GGaaaaa > 1:3741150/1‑150 (MQ=255) tGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAAc < 1:2839422/150‑1 (MQ=255) cTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGGTGCGATGTTAAATCGCCGAGGAGGCTGGTAATGTCCCGCGCA‑CGCGGTGTAAACGA‑GGAAAAAAGGc > 2:315697/1‑150 (MQ=255) ttCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCa < 2:2129040/150‑1 (MQ=255) ttCCCTACGCCGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCa < 2:816284/150‑1 (MQ=255) tCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAg < 1:2198705/150‑1 (MQ=255) cTACGCTGGCATTATCCAGATCTGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGttt < 2:4763245/150‑1 (MQ=255) cTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGGTTCGATGATAAATAGCAGAGGAGGGTGGGTATGTGCCGCGCC‑CGCGGTTTAAAAGA‑GGAAAAAAAGCAGttt > 1:5194421/1‑150 (MQ=255) cTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCAAGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGttt < 2:2613854/150‑1 (MQ=255) tACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGtttt < 2:3639837/150‑1 (MQ=255) gCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGTTTTACa < 1:2630819/150‑1 (MQ=255) tGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGTTTTACAAt < 2:2556679/150‑1 (MQ=255) gCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGTTTTACAATcg < 2:1867160/150‑1 (MQ=255) gCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGGGGTGTTAAATAGCAGAGGGGGGTGGTGATGTGCAGCGCA‑CCCCGTGTTAAAGA‑GGGAAAAAAGCAGTTTTTGAATca > 1:3172237/1‑149 (MQ=255) 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tATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTAGATGATAAATCTCAGAGGAGGATTTTAATTTACAGCGCA‑CGAGGTTTAAAAGA‑AGTAAAAAGGCAGGTTTAAAATCGCGtt > 2:2772247/1‑150 (MQ=255) aTCCAGATCCGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTta < 1:2889003/150‑1 (MQ=255) aTCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTta < 1:1729345/150‑1 (MQ=255) aTCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTta < 2:459982/150‑1 (MQ=255) aTCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCA‑CGCGTTGTAAACGA‑GGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTta < 1:769912/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |