Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 24,012 | A→T | 8.5% | H541L (CAC→CTC) | ileS → | isoleucyl‑tRNA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 24,012 | 0 | A | T | 8.5% | 896.8 / 53.5 | 298 | H541L (CAC→CTC) | ileS | isoleucyl‑tRNA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (161/111); new base T (17/9); total (178/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
ACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACACCGCGGCTGGTTCATGTCTTCCCTAATGATCTCCACCGCGATGAAGGGTAAAGCGCCGTATCGTCAGGTACTG > CP009273/23863‑24160 | aCTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCa < 1:1641448/150‑1 (MQ=255) aTGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCActct > 1:3925118/1‑150 (MQ=255) tGGAAGAAGTGGCAAAACGCGATGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATTCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACtctt > 2:4840579/1‑150 (MQ=255) aagaagTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCtg > 1:834330/1‑150 (MQ=255) agaagTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCtgt > 2:4689098/1‑150 (MQ=255) cAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACg < 2:843684/150‑1 (MQ=255) cAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACAGTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACg > 2:755749/1‑150 (MQ=255) aaaaCGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCTCTCTTCTGTTGTTGACGt > 1:3218437/1‑150 (MQ=255) aaaCGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTg < 2:1325824/150‑1 (MQ=255) aaaCGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTg > 2:2447443/1‑150 (MQ=255) aaCGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGACGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGc > 2:2773506/1‑150 (MQ=255) aaCGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCTCTCTTCTGTTGTTGACGTGc > 1:3892847/1‑150 (MQ=255) aCGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCg < 2:702543/150‑1 (MQ=255) cgTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTcc > 1:2787960/1‑150 (MQ=255) gTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCg > 1:2148242/1‑150 (MQ=255) aaGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGact > 2:3398958/1‑148 (MQ=255) gTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAAttt < 2:140745/150‑1 (MQ=255) gTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAAttt > 1:5233940/1‑150 (MQ=255) 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cTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACACCGCGGCTGGTTCa > 1:3357072/1‑150 (MQ=255) cTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGAAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACACCGCGGCTGGTTCa > 1:2755880/1‑150 (MQ=255) aTCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACACCGCGGCTGGTTCATGt > 2:2043645/1‑150 (MQ=255) aGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACACCGCGGCTGGTTCATGTCtt < 2:2238598/150‑1 (MQ=255) gTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACACCGCGGCTGGTTCATGTCTTc > 2:3755904/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |