| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,294,862 | G→T | 28.2% | I457I (ATC→ATA) | napA ← | nitrate reductase, periplasmic, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,294,862 | 0 | G | T | 28.2% | 639.1 / 211.7 | 311 | I457I (ATC→ATA) | napA | nitrate reductase, periplasmic, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (104/119); new base T (41/47); total (145/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
ACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCACACGCAGAAGGTTGCCCGGT > CP009273/2294713‑2295011 | gatgatGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGAt > 2:3179449/1‑150 (MQ=255) atgatgAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTAtt > 2:443711/1‑150 (MQ=255) tgaAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCg < 2:2487460/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |