| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,411,701 | T→A | 27.8% | L381* (TTA→TAA) | yfcC → | putative inner membrane transporter, C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,411,701 | 0 | T | A | 27.8% | 457.4 / 224.3 | 277 | L381* (TTA→TAA) | yfcC | putative inner membrane transporter, C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (80/120); new base A (30/47); total (110/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TTTCCGCCTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTAAATACCATCCTCAACAGCATTGCCAATGCCATTAGCGGTCTGGACAACGCGGTCGCGGCCTGGTTTATGTTGCTCTTCCAGGCGGTATTTAATTTCTTCGTGACGTCCGGTTCTGGTCAGGCGGCGTTAACCATGCCGTTACTGGCA > CP009273/2411552‑2411849 | ttCCGCCTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTa < 2:532798/150‑1 (MQ=255) tCCGCCTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTaa < 2:3958331/150‑1 (MQ=255) ccGCCTTAACGGCATGACGGTTAATACCATGGCTTCATCCTTTACCGAAGGGGCGCGAATGATGATCGCCCCTGCCCTGCTGGTGGGTTTCGCCAAAGGGATTTTGCTGCTGGTCGGTAATGGTGAAGCGGGTGATGCCAGCGTGTTaaa > 2:4288537/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |