| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,427,265 | C→A | 25.3% | P47P (CCG→CCT) | accD ← | acetyl‑CoA carboxylase, beta (carboxyltransferase) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,427,265 | 0 | C | A | 25.3% | 681.4 / 175.3 | 299 | P47P (CCG→CCT) | accD | acetyl‑CoA carboxylase, beta (carboxyltransferase) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/106); new base A (40/36); total (157/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
GATGCCAGACGGTCTTTATACTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATCCAGCTCATTAGGGAC > CP009273/2427116‑2427412 | gATGCCAGACGGTCTTTATACTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTc > 2:398105/1‑150 (MQ=255) tGCCAGACGGTCTTTATACTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCgg < 1:3774608/150‑1 (MQ=255) ggTCTTTATACTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCt < 2:558898/150‑1 (MQ=255) gTCTTTATACTTCTTGGAGTCTCGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTc < 1:593081/150‑1 (MQ=255) tCTTTATACTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCa > 2:827747/1‑150 (MQ=255) cTTTATACTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCaa > 1:4651541/1‑150 (MQ=255) tttATACTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAg < 1:3728034/150‑1 (MQ=255) ttATACTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGa > 2:617657/1‑150 (MQ=255) ttATACTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGa > 1:1890575/1‑150 (MQ=255) tataCTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGAt > 1:2384887/1‑150 (MQ=255) ataCTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGAtt > 1:273409/1‑150 (MQ=255) aCTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTAc > 2:2687954/1‑150 (MQ=255) ttGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTTTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTcc < 2:586539/150‑1 (MQ=255) tGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCa > 2:2561999/1‑150 (MQ=255) gAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGc > 1:725717/1‑150 (MQ=255) gTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTc > 1:4419783/1‑150 (MQ=255) gTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTc < 2:2945229/150‑1 (MQ=255) gTCACGAAACTACAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTc > 1:4837023/1‑150 (MQ=255) cACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAg > 1:2045097/1‑150 (MQ=255) aCGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTTACAGGCTATGCTGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAgc < 2:2989689/150‑1 (MQ=255) aCTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGt < 1:4496691/150‑1 (MQ=255) aCTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGt < 1:2989956/150‑1 (MQ=255) aGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATaaa > 1:1095094/1‑150 (MQ=255) cacaTCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAAc < 2:3528460/150‑1 (MQ=255) acaTCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAAcc > 2:727546/1‑150 (MQ=255) caTCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCt < 2:2249355/150‑1 (MQ=255) caTCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCt < 1:1512380/150‑1 (MQ=255) aTCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTg > 1:3551181/1‑150 (MQ=255) aTCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTg > 1:1680042/1‑150 (MQ=255) tCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGa < 2:5073282/150‑1 (MQ=255) cTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGAc > 1:1837955/1‑150 (MQ=255) ttCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCg > 2:5236948/1‑150 (MQ=255) ggCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAg > 2:185362/1‑150 (MQ=255) 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aaGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATc < 2:4391462/150‑1 (MQ=255) aaGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATc < 1:1107006/150‑1 (MQ=255) aGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATca > 1:4235280/1‑150 (MQ=255) cTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATcaca > 1:671889/1‑150 (MQ=255) cGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACt < 1:816407/150‑1 (MQ=255) 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cGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATg < 1:532828/150‑1 (MQ=255) gATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGt > 2:3067235/1‑150 (MQ=255) gATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGt > 2:4688590/1‑150 (MQ=255) gATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGGTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGt < 1:235452/150‑1 (MQ=255) ttACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTg < 1:384925/150‑1 (MQ=255) cgcTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCtttt < 1:244061/150‑1 (MQ=255) cgcTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGAtttt > 1:2726034/1‑150 (MQ=255) cATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCg > 2:453370/1‑150 (MQ=255) aTACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGt > 2:112225/1‑150 (MQ=255) aTACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGt > 2:4894208/1‑150 (MQ=255) aTACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCATTCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTctt > 1:1148209/1‑148 (MQ=255) cGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCa < 1:2653659/150‑1 (MQ=255) cATGTGATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAAt < 1:3354404/150‑1 (MQ=255) tgtgATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATcc < 1:3029232/150‑1 (MQ=255) tgtgATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATcc < 1:3408912/150‑1 (MQ=255) tgATGGTCACACTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATCCAg < 2:4110817/150‑1 (MQ=255) aTGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATCCAGCt < 2:1988135/150‑1 (MQ=255) tGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATCCAGCTc < 1:4712953/150‑1 (MQ=255) tCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATCCAGCTCAtt > 2:4796064/1‑150 (MQ=255) acacTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATCCAGCTCATTAg < 2:462759/150‑1 (MQ=255) cacTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATCCAGCTCATTAgg < 2:170111/150‑1 (MQ=255) cacTTAGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATCCAGCTCATTAgg > 2:3430365/1‑150 (MQ=255) | GATGCCAGACGGTCTTTATACTTCTTGGAGTCACGAAACTTCAGCACATCTTTCGGCTCAAGCTCGCTACCCAGCTCCACAAGGCTTCCTTCATCTAACAGGCTATGCAGGCGATTACGCGCTGTCATACGCATGTGATGGTCACACTTCGGACAGACCTCAAGATTACGTTCCAGCTCAGCGCGGTATAAAACCTGACCGCAGCTATCACACTTAGTCCACACCCCTTCAGGAATGCTCGCCTTGCGGGTGGGAGTAATGTTGCTTTTAATTCGTTCAATCCAGCTCATTAGGGAC > CP009273/2427116‑2427412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |