Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,521,009 | C→A | 8.4% | V235V (GTC→GTA) | yfeH → | putative inorganic ion transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,521,009 | 0 | C | A | 8.4% | 1059.8 / 41.7 | 306 | V235V (GTC→GTA) | yfeH | putative inorganic ion transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (130/150); new base A (13/13); total (143/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GGTGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCTGTTCCC > CP009273/2520860‑2521158 | ggTGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTc < 2:3686499/150‑1 (MQ=255) gTGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCa < 1:4499200/150‑1 (MQ=255) gTGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCa > 2:3276075/1‑150 (MQ=255) tGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAg > 1:2540845/1‑150 (MQ=255) tGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAg < 2:2256875/150‑1 (MQ=255) aCTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCt > 1:2730558/1‑150 (MQ=255) aCTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCt < 1:2478494/150‑1 (MQ=255) gggTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCg < 1:836410/150‑1 (MQ=255) 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tGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATgg < 2:4135640/150‑1 (MQ=255) gTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGc > 1:3130595/1‑150 (MQ=255) tttATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCa < 1:3519906/150‑1 (MQ=255) aTCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAAc < 1:4779472/150‑1 (MQ=255) gtggtgGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACAtt > 2:2430749/1‑150 (MQ=255) gtggtgGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACAtt > 2:847115/1‑150 (MQ=255) ggtggtCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCt > 2:397179/1‑150 (MQ=255) ggtggtCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCt > 1:425073/1‑150 (MQ=255) ggtggtAAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCt < 1:3500536/150‑1 (MQ=255) ggtCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCTGtt > 2:4900607/1‑150 (MQ=255) cAGGTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGTTGAATTTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCTGTTccc < 1:2111051/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCTGTTccc > 2:1929953/1‑150 (MQ=255) | GGTGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCTGTTCCC > CP009273/2520860‑2521158 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |