| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,526,794 | C→T | 100% | intergenic (+55/‑329) | cysK → / → ptsH | cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit/phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of PTS system (Hpr) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,526,794 | 0 | C | T | 99.7% | 1119.1 / ‑4.8 | 336 | intergenic (+55/‑329) | cysK/ptsH | cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit/phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of PTS system (Hpr) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (170/164); total (172/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
AATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAG > CP009273/2526647‑2526943 | aaTAGTGTGGTTATTCGACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTCAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCt < 1:676811/150‑1 (MQ=255) atatTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTg < 1:2264621/150‑1 (MQ=255) tatTGTGGTTATTCGACCCTCATCTGGTGATCGTTAATTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGc < 1:4816138/150‑1 (MQ=255) tgtgGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTc < 2:3169019/150‑1 (MQ=255) gtgGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCa > 1:2724094/1‑150 (MQ=255) tgGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCaa < 2:538293/150‑1 (MQ=255) ggTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCaaa > 2:4863788/1‑150 (MQ=255) ggTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCaaa > 2:820020/1‑150 (MQ=255) gTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAAc > 2:4968186/1‑150 (MQ=255) gTTAATCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAAc > 1:845021/1‑150 (MQ=255) tATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACtt < 2:5149242/150‑1 (MQ=255) aTTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACttt > 1:1902197/1‑150 (MQ=255) ttCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTc < 2:91172/150‑1 (MQ=255) 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ttATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAg > 2:251591/1‑150 (MQ=255) tATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGc > 2:4434934/1‑150 (MQ=255) tATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCACTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGc > 2:657238/1‑150 (MQ=255) aTTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGcc < 1:1975437/150‑1 (MQ=255) aaGCACCGCAGTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTc < 1:1480057/150‑1 (MQ=255) aaGCACCGCAGTGTGTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTc < 2:4306681/150‑1 (MQ=255) cACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGa < 2:2075980/150‑1 (MQ=255) aCCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGaa > 2:3378890/1‑150 (MQ=255) ccGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAAc < 1:103326/150‑1 (MQ=255) tGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTAt < 1:2921489/150‑1 (MQ=255) 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aaagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGAt < 2:3621491/150‑1 (MQ=255) aagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATg < 1:972174/150‑1 (MQ=255) aagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATg < 2:1120539/150‑1 (MQ=255) aTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTGTTTAGGTGCTTTGTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTAGTTAACCAGACTAATTATGTTGATGcgcg > 2:4460055/1‑150 (MQ=255) cAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAAt > 1:1529294/1‑150 (MQ=255) 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tttttAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGAt < 1:3378890/150‑1 (MQ=255) ttttAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGAtt < 1:4285288/150‑1 (MQ=255) aGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGt > 1:5063502/1‑150 (MQ=255) ggTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGtt < 2:1969740/150‑1 (MQ=255) ggTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGtt < 2:1236009/150‑1 (MQ=255) 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tgGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCtt > 2:3603941/1‑150 (MQ=255) ccTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAg < 2:2410293/150‑1 (MQ=255) | AATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAG > CP009273/2526647‑2526943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |