| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,532,553 | C→A | 5.3% | A130A (GCG→GCT) | cysM ← | cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,532,553 | 0 | C | A | 5.3% | 1211.2 / 22.7 | 319 | A130A (GCG→GCT) | cysM | cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (159/142); new base A (11/6); total (170/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GTGATAGTGCCGGTCGTCCCCATGCTGGAGACAAAATGAGTGATGCGCCCGCCGGTTTGCTGCCAGATTTCCGGCCCAGTGGTGGTGTAATGCGCATAAGGGTTATCGGGATTATTGAACTGATCGAGCAGCTTTCCTTCGCCACGATTCGCCATCTCCAGCGCCAGATCGCGCGCACCTTCCATGCCCTGCTCTTTGGTGACAAGAATCAGTTCCGCACCATAAGCACGCATCGCCGCACGGCGTTCCTGGCTCATGTTGTCGGGCATCAGCAATTTCATGCGATAGCCTTTCAGCGC > CP009273/2532404‑2532702 | gTGATAGTGCCGGTCGTCCCCATGCTGGAGACAAAATGAGTGATGCGCCCGCCGGTTTGCTGCCAGATTTCCGGCCCAGTGGTGGTGTAATGCGCATAAGGGTTATCGGGATTATTGAACTGATCGAGCAGCTTTCCTTCGCCACGATTc < 1:2780689/150‑1 (MQ=255) tGATAGTGCCGGTCGTCCCCATGCTGGAGACAAAATGAGTGATGCGCCCGCCGGTTTGCTGCCAGATTTCCGGCCCAGTGGTGGTGTAATGCGCATAAGGGTTATCGGGATTATTGAACTGATCGAGCAGCTTTCCTTCGCCACGATTCg > 2:904790/1‑150 (MQ=255) ggTCGTCCCCATGCTGGAGACAAAATGAGTGATGCGCCCGCCGGTTTGCTGCCAGATTTCCGGCCCAGTGGTGGTGTAATGCGCATAAGGGTTATCGGGATTATTGAACTGATCGAGCAGCTTTCCTTCGCCACGATTCGCCATCTCCAg > 2:4788306/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |