Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,552,461 | A→G | 58.1% | N82S (AAT→AGT) | intZ → | CPZ‑55 prophage; putative phage integrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,552,461 | 0 | A | G | 58.1% | 238.0 / inf | 318 | N82S (AAT→AGT) | intZ | CPZ‑55 prophage; putative phage integrase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/74); new base G (100/84); total (160/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.83e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
TTGCTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATCGGC > CP009273/2552313‑2552608 | cTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGa > 2:2781911/1‑150 (MQ=255) cTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGa > 1:298737/1‑150 (MQ=255) tGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGaa > 2:2153728/1‑150 (MQ=255) tGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTa < 2:2606188/150‑1 (MQ=255) gCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTaa < 1:3313324/150‑1 (MQ=255) aTCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAAcc > 1:34326/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTg > 1:3274967/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTg < 2:1598620/150‑1 (MQ=255) aaCGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTg < 2:5088185/150‑1 (MQ=255) aaCGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTg < 2:664244/150‑1 (MQ=255) aaCGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTg > 2:3937773/1‑150 (MQ=255) gTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAAc < 2:4481502/150‑1 (MQ=255) cGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAg > 1:2864035/1‑150 (MQ=255) aaTACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGccc < 1:157638/150‑1 (MQ=255) aaTACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCAATGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGACAGTGGAATTAACCCAGTGGAAAAAGccc > 1:2778881/1‑150 (MQ=255) aCTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCa < 1:1677376/150‑1 (MQ=255) aCTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCa > 2:1781612/1‑150 (MQ=255) gCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGa > 2:3244658/1‑150 (MQ=255) 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aTTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTg < 2:876344/150‑1 (MQ=255) aTTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTg > 1:5043764/1‑150 (MQ=255) aTTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTg < 2:1564320/150‑1 (MQ=255) tGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTTCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCTCAACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACACAGTGGAACAAGCCAGCAAGGAAAAAGACATAGAt > 1:377833/1‑150 (MQ=255) tGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGAt < 2:2873354/150‑1 (MQ=255) 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agagCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACCTGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATg < 1:4629460/150‑1 (MQ=255) agagCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATg > 1:381442/1‑150 (MQ=255) gagCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGc < 2:2798617/150‑1 (MQ=255) agCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCa > 2:1818915/1‑150 (MQ=255) agCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCa < 1:4921153/150‑1 (MQ=255) aGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCaaaa > 2:4369111/1‑150 (MQ=255) aGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCaaaa < 2:3400752/150‑1 (MQ=255) cccTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAgg < 2:1043602/150‑1 (MQ=255) ccTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGt < 1:3869380/150‑1 (MQ=255) cTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTc > 1:1181621/1‑150 (MQ=255) cTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTc > 1:2321986/1‑150 (MQ=255) tATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAg < 1:2226367/150‑1 (MQ=255) tGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATc < 2:4905167/150‑1 (MQ=255) tGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATc < 2:356328/150‑1 (MQ=255) tGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATc < 2:335623/150‑1 (MQ=255) tGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATc < 2:1730905/150‑1 (MQ=255) cAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATCGGc < 2:844972/150‑1 (MQ=255) | TTGCTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATCGGC > CP009273/2552313‑2552608 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |