| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,655,084 | A→C | 31.3% | L136R (CTG→CGG) | iscR ← | isc operon transcriptional repressor; suf operon transcriptional activator; oxidative stress‑ and iron starvation‑inducible; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,655,084 | 0 | A | C | 31.3% | 294.1 / 305.7 | 303 | L136R (CTG→CGG) | iscR | isc operon transcriptional repressor; suf operon transcriptional activator; oxidative stress‑ and iron starvation‑inducible; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/103); new base C (53/42); total (158/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
ACCGGCTGGATGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACA > CP009273/2654935‑2655233 | gCTGGATGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCAc < 1:686954/150‑1 (MQ=255) cTGGATGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACt < 1:2949370/150‑1 (MQ=255) aTGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCCGCACTTCCt < 1:2288527/150‑1 (MQ=255) 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tCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCt > 2:2304022/1‑150 (MQ=255) aGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACa > 1:3537464/1‑150 (MQ=255) | ACCGGCTGGATGTACGACCGTGTTTACGGAGTATTTAGCACTCCGGCCTGATTCTGAATTCTTTTTATTAAGCGCGTAACTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACA > CP009273/2654935‑2655233 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |