Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,665,772 | G→T | 100% | E123* (GAA→TAA) | hcaD → | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,665,772 | 0 | G | T | 99.8% | 731.4 / ‑6.5 | 238 | E123* (GAA→TAA) | hcaD | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (113/123); minor base A (2/0); total (115/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TTCATCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACA > CP009273/2665623‑2665918 | cATCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCGCGACCCCTGCCGTTGCTTGTTTCACAGGGATaa > 1:4726669/1‑150 (MQ=255) cATCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATaa < 1:4384526/150‑1 (MQ=255) aTCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAAc < 1:1786147/150‑1 (MQ=255) tGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgct < 1:4412484/150‑1 (MQ=255) tGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgct < 2:4016486/150‑1 (MQ=255) gCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgctg < 2:3034301/150‑1 (MQ=255) gCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACGGGGGTAACgctg > 1:2925147/1‑150 (MQ=255) cagtCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGGACTGGGATCAGCTTTTTAGAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgctgc < 2:4327678/147‑1 (MQ=255) cATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgctgc > 2:3454590/1‑150 (MQ=255) tCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCttt < 2:567896/150‑1 (MQ=255) tCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCttt < 2:5018222/150‑1 (MQ=255) tCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCttt < 1:5015291/150‑1 (MQ=255) ccGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTa < 1:4666888/150‑1 (MQ=255) ggTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCACGACCGCGGCCGTTGCTTGATGCACTGGGGTAAAGCGGCTTTTcc > 1:1703416/1‑150 (MQ=255) tgtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑t < 2:1026906/150‑1 (MQ=255) tgtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑t < 2:3303150/150‑1 (MQ=255) gtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑Ta < 2:3616484/150‑1 (MQ=255) aaCCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCGCGACCCCAGCCGGTGCGTGATGCACAGGGATAACGCTGCATTACCC‑AAcc > 2:5131388/1‑149 (MQ=255) cATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑AACGCCa > 2:2538760/1‑150 (MQ=255) cATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCGGCTTTACCC‑TACGCCa > 2:282541/1‑150 (MQ=255) aTCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCCCAGCCGTTGCGTGATGCACTGGGATAACGCTGCGTTACCC‑AACGccca > 2:1404696/1‑148 (MQ=255) cAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGc > 2:3952810/1‑150 (MQ=255) cGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATACCGGTg < 1:2988876/150‑1 (MQ=255) gCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCCTTGCTTGATGCACAGGGATAACGCTGCTTTACCC‑AACGCCATGCCCGTGa > 2:5227470/1‑150 (MQ=255) gCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCTGCCGGTTCTTGATGCACAGGGATTAAGCAGCGTTAACC‑AACGCCATTCCGGTGa > 2:2410646/1‑150 (MQ=255) cTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGAt < 1:2898831/150‑1 (MQ=255) tGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCACGACCCCAGCCGGTGCTTGTTGCACAGGGATAAAGCTGCTTTTACC‑AACGCCAGGCCGGGGATg > 1:1280852/1‑150 (MQ=255) ggTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCGGCCGTTGCGTGATGCACGGGGATAACGCTGCGGTAGCC‑GAAGCCCTGCCGGGGCTgcc > 2:3657319/1‑150 (MQ=255) gTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATgccg < 1:4496430/150‑1 (MQ=255) cgACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAg < 2:3786093/150‑1 (MQ=255) cgACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCGGCCGGTGCTTGATTCACTGGGATAACGCTGGTTTAACC‑AACGCCATGCCGGGGAGgccgcccg > 1:3723801/1‑148 (MQ=255) cacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACt < 1:4899426/150‑1 (MQ=255) cacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACt < 1:2623023/150‑1 (MQ=255) cacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACt < 1:1621692/150‑1 (MQ=255) acGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGACAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCg < 1:963145/150‑1 (MQ=255) acGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCGGCCGTTGCATGATGCAATGGGATAACGCAGCGTTACCC‑AACGCCAAGCCGGGGATGCCCCCAAACTGCg > 1:3537155/1‑150 (MQ=255) gagTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCAt > 2:3113888/1‑123 (MQ=255) gagTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCAt < 1:3113888/123‑1 (MQ=255) gTTAGTGTCAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGt < 2:4259068/150‑1 (MQ=255) tAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTc < 2:3873521/150‑1 (MQ=255) aGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATCGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCt < 2:1209085/150‑1 (MQ=255) gtgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCTGCCGGTGCGTGATGCACAGGGATAACGCGGCTTTTCCC‑AACGCCATTCCGGGGTTGCCGCCACACTGCGAGAACTTCTg > 2:2696180/1‑150 (MQ=255) tgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGc < 1:123995/150‑1 (MQ=255) gtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCa < 1:3709558/150‑1 (MQ=255) gtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCACGACCCCTGCCGTTGGGTGATGCACTGGGGTAAAGCAGCGTTACAC‑AACCCCCAGCCGGGGAAGCCGCCCCAAAGCGAGAAGTTCTGCa > 1:613134/1‑150 (MQ=255) aaCCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCCCTGCCGGTGCGTGATTCACTGGGATAACGCGGCGGTACCC‑GACGCCATGCCGGGGATGCCGCCCGACAGCGAGAAGTTATGCAGcc > 1:3025500/1‑150 (MQ=255) aCCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGTTTCACTGGGTTAAAGCTGCTTTTCCC‑AACGCCATGCCGGTGGTGCCGCCAGACAGCGAGAAGTTATGCAGccc > 2:1137657/1‑150 (MQ=255) cAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGTTAACGCGGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGa > 2:2139534/1‑150 (MQ=255) aaCGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGGCGCGCGACCCCAGCCGTTGCTTGATTGACAGGGTTTAAGCGGCGTTAACC‑AACGCCCAGCCCGTGATGCCGCCCGACAGCCAGAAGTTCAGCAGCCCCaa > 2:5093220/1‑150 (MQ=255) aaCGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCTGCCGTTTCGTGTTTCACAGGGATAAAGCTGCGTTTACC‑TACCCCCTGCCGGTGATGCCGCCAGACAGCGAGAACTTCAGCAGCCCCaa > 2:1068164/1‑150 (MQ=255) cGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACg < 1:1725665/150‑1 (MQ=255) cGAAAGCAGGCACTGGGATCAGCTTTTTAGAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTc < 2:4487817/150‑1 (MQ=255) aaaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAg < 2:1618486/150‑1 (MQ=255) aaaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAg < 2:222151/150‑1 (MQ=255) aaaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACAGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAg > 2:3261290/1‑150 (MQ=255) aaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGt < 1:2527783/150‑1 (MQ=255) aaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCAGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAAAGCTGCTTTAAAC‑AACGCCAAGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGt > 1:4382745/1‑150 (MQ=255) aaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCCCAGCCGTTGCGTGATTCACGGGGATAACGCAGCTTTACCC‑TACCCCATGCCGGTGGTGCCGCCAGACAGCGAGAAGTTCATCAGCCCGAAAGGTCAGt > 2:2098736/1‑150 (MQ=255) gCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCGCGACCGCGGCCGGTGCGTTATTCACTGGGTTAAAGCGGCGTTTCCC‑AACGCCAAGCCGGTGATTCCGCCAGACAGCGAGAAGTTATGCAGCCCGAACGGTCAGGCg > 1:1717872/1‑150 (MQ=255) gCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCg < 1:860289/150‑1 (MQ=255) ggCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTAGAACGCTGCCGTTGCTTGATTCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATTCCGGTGATGCCGCCAGACTGCTAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTAGTGa > 2:871613/1‑150 (MQ=255) cTGGGATCATCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTAt < 1:676210/150‑1 (MQ=255) cTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCCCGCGACCCCAGCCCGTTCGTGATTCACAGGGATAACCCAGCATTACCCAAACCCCAGCCCGGGGA‑GCCCCCACACAGCCCGAACATCAGCAGCCCCAACCGTCAGTCGTGAatat > 2:1926559/1‑150 (MQ=255) cTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTAt < 1:2290542/150‑1 (MQ=255) cTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTAt < 2:2545936/150‑1 (MQ=255) tGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATc < 1:4044227/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCCCTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTg < 1:1060400/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCCCAGCCGTTGCGTGATGCCCAGGGATAACGCGGCTTTTACC‑GACGCCCAGCCCGTGATTCCGCCACAAAGCGAGAACTTCTGCAACCCCAACGGGCAGTCGGGATTATCgggg > 2:4578361/1‑148 (MQ=255) cAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGcc < 2:4101968/150‑1 (MQ=255) cAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCACGAACCCAGCCCTTGAATTATGCACTGGGGTAAACCTGCTTTAAAC‑AAACCCAAGACGGGTATTACGCCCCACAACGAGAACTTCTGCACCCCGCACGGTCAATACTGATTATAGGTggc > 2:5024555/1‑148 (MQ=255) aGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTTCCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCAACAACTTCTGCACCCCCAACCGTCAGTCGTGAATATCGGTGCCg > 2:3917843/1‑150 (MQ=255) tttATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACt < 1:1510368/150‑1 (MQ=255) tataGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTAt < 1:1617768/150‑1 (MQ=255) tataGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTAt < 1:2488887/150‑1 (MQ=255) gCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGt < 1:5208675/150‑1 (MQ=255) aaCCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCt < 2:2999106/150‑1 (MQ=255) aCCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTg < 1:1732229/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTgg < 2:2423128/150‑1 (MQ=255) cgGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTgg < 1:2668483/150‑1 (MQ=255) ggCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGc < 2:1224565/150‑1 (MQ=255) gCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCt > 1:5270813/1‑150 (MQ=255) ccGCTGCCGGTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGcc < 2:4291797/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TCCGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAc < 2:3379915/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAc < 1:3493819/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAc > 1:4612396/1‑150 (MQ=255) cTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcg < 1:3789047/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgca > 2:1694029/1‑150 (MQ=255) gCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgca < 1:2242831/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGAATATCGGTGCCGGAACTATAGGTCTGGAACTGGCTGCAAGCGCCAcgca > 1:4788201/1‑150 (MQ=255) ccGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcag > 2:4733439/1‑150 (MQ=255) ccGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcag > 2:1502230/1‑150 (MQ=255) cGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagc < 2:1514724/150‑1 (MQ=255) cTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGACCTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa > 1:3182225/1‑150 (MQ=255) cTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa > 2:2901493/1‑150 (MQ=255) aTGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTa > 1:2507184/1‑150 (MQ=255) cACTGGGAAAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTCTTTGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAgg > 2:1498605/1‑150 (MQ=255) cTGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTg < 1:5131388/150‑1 (MQ=255) tGGGATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGa > 2:70130/1‑150 (MQ=255) tGGGATAACGCTGATTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACAGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACTGTCAGTCGAGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGgaga > 2:828014/1‑150 (MQ=255) ggATAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACa > 1:4065141/1‑150 (MQ=255) | TTCATCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCC‑TACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACA > CP009273/2665623‑2665918 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |