| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 235,036 | G→T | 10.4% | S63Y (TCC→TAC) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 235,036 | 0 | G | T | 10.4% | 876.2 / 10.1 | 367 | S63Y (TCC→TAC) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (198/102); new base T (5/57); total (203/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |