| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,792,318 | 0 | C | A | 10.2% | 1237.8 / 72.4 | 380 | intergenic (‑464/‑205) | stpA/alaE | DNA binding protein, nucleoid‑associated/alanine exporter, alanine‑inducible, stress‑responsive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (168/173); new base A (23/16); total (191/189) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
TGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGAT > CP009273/2792169‑2792467 | tGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACCCCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATc < 1:557416/150‑1 (MQ=255) tACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCat > 2:3533685/1‑150 (MQ=255) aCATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCata < 1:1860400/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |