| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 699,167 | (T)6→7 | intergenic (‑100/‑233) | nagB ← / → nagE | glucosamine‑6‑phosphate deaminase/fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 699,161 | 1 | . | T | 99.5% | 707.1 / ‑3.2 | 214 | intergenic (‑94/‑239) | nagB/nagE | glucosamine‑6‑phosphate deaminase/fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (94/119); total (95/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
TGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGA‑T‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCTA > CP009273/699012‑699305 | tGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGa < 2:2090604/150‑1 (MQ=255)tGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGa < 1:1383691/150‑1 (MQ=255) ggCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGA‑t < 1:2822090/150‑1 (MQ=255) 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atatttAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCTTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAAtt < 2:3391338/147‑1 (MQ=255) aTCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAAtt > 2:2049736/1‑150 (MQ=255) cTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTg > 2:3641526/1‑150 (MQ=255) ttAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCg > 1:2495405/1‑150 (MQ=255) cGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAATCTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACg > 2:2221672/1‑150 (MQ=255) ccTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTa > 2:2709457/1‑150 (MQ=255) ccTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTa < 1:3579132/150‑1 (MQ=255) tGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATATTATAAGTTTTCTGGTTTATCAAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGAGATAAGAATTaaa > 1:3755561/1‑150 (MQ=255) gATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAAtt > 1:2786190/1‑150 (MQ=255) ttGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTc < 2:2728314/150‑1 (MQ=255) ttGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTc < 1:1661348/150‑1 (MQ=255) gcAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTcacac < 1:1901344/150‑1 (MQ=255) cAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTcacaca < 1:104502/150‑1 (MQ=255) cAGACAGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTcacaca < 1:2013741/150‑1 (MQ=255) gACTGGCGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTTATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACAct < 2:499855/150‑1 (MQ=255) cGTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAg < 2:1745797/150‑1 (MQ=255) gTCAATCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCAAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATAATTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTAGCGATACGAATTAAATTTTCACACACACTGTAGc > 1:2433104/1‑150 (MQ=255) aaTCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAga > 1:1510717/1‑150 (MQ=255) aaTCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAga < 2:1071381/150‑1 (MQ=255) aaTCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAga > 1:3704541/1‑150 (MQ=255) aTCCGACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAgat > 1:181953/1‑150 (MQ=255) gNCCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATc > 1:883184/1‑150 (MQ=255) gACCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATc > 2:2457842/1‑150 (MQ=255) aCCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCt < 2:2767760/150‑1 (MQ=255) aCCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCt > 2:2291491/1‑150 (MQ=255) aCCTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCt > 2:1768558/1‑150 (MQ=255) ccTGATT‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTATCAGATGATCTa > 1:3296108/1‑150 (MQ=255) | TGGCGAGCAGCCCATTTGCCGACCTGTTCAGCGGTAGTCAGGGGGATCAGTCTCATTATTCACCTCAATAAGTAAAATGTAAGCCGTTGGCGGATTAGGCATCTTTAAGCGTAACCTGGATTTGCGCAGACAGGCGTCAATCCGACCTGA‑T‑TTTTTGAATGATAAAATAAGTTTTCTGGTTTAGCCAGTAAAAGGGAGTGATAATAACGATATTTGGTGACAAAACTCACAAAAGACACGCGTTTAATTTGCGATACGAATTAAATTTTCACACACTCTGTAGCAGATGATCTA > CP009273/699012‑699305 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |