New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 360652 = | 242 (1.040) | 6707 (41.800) +AATTAATGTAAGTTAGCGCGAATTGATCTGGTTTGACAGCTTATCA |
204/206 | 0.0 | 97.7% | intergenic (‑586/+9) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
? | CP009273 | = 1317577 | 216 (0.930) | coding (101/882 nt) | yciV | PHP domain protein |
Only 100 of 10829 total aligned reads displayed.
GCCCGATACGGCTCATGGATGGTGTTTCGGGTCGGGTGAATCTTGTTGATGGCGATATGGATGTGCAGGTTGTCGGTGTCGTGATGCACGGCACTGACGCGCTGATGCTCGGCGAAGCCAAGCCCAGCGCAGATGCGGTCCTCAATCGCGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCACCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGATTGCC > CP009273/360503‑360801 | cttgagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgc < 1:1393942‑M1/2‑1 (MQ=255) ttgagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgcg > 1:734893‑M1/148‑150 (MQ=255) gagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgcgtt < 2:2371918‑M1/5‑1 (MQ=255) gagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgcgtt < 2:2576316‑M1/5‑1 (MQ=255) gagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgcgtt < 2:309906‑M1/5‑1 (MQ=255) gagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgcgtt > 2:145367‑M1/146‑150 (MQ=255) cacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTc > 2:2441554‑M1/140‑150 (MQ=255) cacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTc < 2:3357772‑M1/11‑1 (MQ=255) acgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCa > 1:1121510‑M1/139‑150 (MQ=255) cgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCAc < 2:1734061‑M1/13‑1 (MQ=255) gaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACt < 1:3110237‑M1/14‑1 (MQ=255) gaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACt < 1:876529‑M1/14‑1 (MQ=255) gaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACt < 1:1659343‑M1/14‑1 (MQ=255) aattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTg < 1:948989‑M1/15‑1 (MQ=255) tatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGccc > 2:1875271‑M1/133‑150 (MQ=255) cagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCtt > 2:861977‑M1/129‑150 (MQ=255) agtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCttt < 2:3164285‑M1/23‑1 (MQ=255) agtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCttt < 1:2136442‑M1/23‑1 (MQ=255) gtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTc > 2:795754‑M1/127‑150 (MQ=255) atttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAg < 2:166937‑M1/27‑1 (MQ=255) tttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGt > 2:474106‑M1/123‑150 (MQ=255) ttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTc > 2:3699130‑M1/122‑150 (MQ=255) gacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGa > 1:3179344‑M1/118‑150 (MQ=255) tgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAAcc < 2:2242170‑M1/37‑1 (MQ=255) gcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCt > 1:1727015‑M1/113‑150 (MQ=255) gcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCt > 1:1249582‑M1/113‑150 (MQ=255) acagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGt < 1:345534‑M1/40‑1 (MQ=255) acagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGt < 2:2099000‑M1/40‑1 (MQ=255) 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ccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGc < 1:3254182‑M1/49‑1 (MQ=255) ccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGc < 1:1001704‑M1/49‑1 (MQ=255) ccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGc > 2:731100‑M1/102‑150 (MQ=255) cacagcgtccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCt > 2:2031636‑M1/101‑150 (MQ=255) acagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTg > 2:2821039‑M1/100‑150 (MQ=255) agcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCa < 1:3035966‑M1/53‑1 (MQ=255) tccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTaa > 2:1293919‑M1/94‑150 (MQ=255) cgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATg < 2:3567646‑M1/59‑1 (MQ=255) gatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGa < 2:160015‑M1/60‑1 (MQ=255) tggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAAt > 2:93462‑M1/89‑150 (MQ=255) 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attcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGt < 2:2171217‑M1/127‑1 (MQ=255) attcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGt > 2:34883‑M1/24‑150 (MQ=255) ttcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCCACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTCTTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTg < 1:1810995‑M1/128‑1 (MQ=255) gcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTgaga > 2:1156753‑M1/20‑150 (MQ=255) gctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACg > 2:1535108‑M1/18‑150 (MQ=255) ctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGACTCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACgg < 2:607215‑M1/134‑1 (MQ=255) taacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACggg < 1:378622‑M1/135‑1 (MQ=255) aacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGc < 1:226270‑M1/136‑1 (MQ=255) cttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCaa < 2:1800919‑M1/138‑1 (MQ=255) ttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAAc < 2:54704‑M1/139‑1 (MQ=255) tacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACa > 1:1932084‑M1/11‑150 (MQ=255) cattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGc < 1:803662‑M1/142‑1 (MQ=255) cattaagtGCGGTGCGCTCACTGCCCGCGTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGc > 1:2399745‑M1/9‑150 (MQ=255) attaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCt > 1:3398823‑M1/8‑150 (MQ=255) aattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGAt < 1:2062980‑M1/146‑1 (MQ=255) aattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGAt < 1:1320446‑M1/146‑1 (MQ=255) ttGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGATTg > 2:3221387‑M1/3‑150 (MQ=255) | GCCCGATACGGCTCATGGATGGTGTTTCGGGTCGGGTGAATCTTGTTGATGGCGATATGGATGTGCAGGTTGTCGGTGTCGTGATGCACGGCACTGACGCGCTGATGCTCGGCGAAGCCAAGCCCAGCGCAGATGCGGTCCTCAATCGCGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCACCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGATTGCC > CP009273/360503‑360801 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |