| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP009273 | 1635219 = | 12 (0.050) | 216 (0.940) | 122/294 | 0.6 | 94.7% | intergenic (‑377/+377) | essQ/cspB | Qin prophage; putative S lysis protein/Qin prophage; cold shock protein |
| ? | CP009273 | = 2063752 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
ATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCGTACTG > CP009273/2063606‑2063901 | aTCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTg > 2:3063783/1‑150 (MQ=11) cTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGc < 2:960689/150‑1 (MQ=32) ccTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGc < 1:1556335/150‑1 (MQ=35) 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aCGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCgt < 1:308493/150‑1 (MQ=255) cGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCgtg > 2:2500069/1‑150 (MQ=255) cGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGCTGTCTGGAGATTCAGGGGGCAAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGttt > 1:932498/1‑150 (MQ=255) gTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGtttt < 1:671127/150‑1 (MQ=255) cTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTaa > 1:2258191/1‑150 (MQ=255) tGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAAt > 1:361585/1‑150 (MQ=255) cGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATtc > 2:1729681/1‑150 (MQ=255) gTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATtct < 2:3263399/150‑1 (MQ=255) cGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGAt < 1:733595/150‑1 (MQ=255) cGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGAt > 2:1053789/1‑150 (MQ=255) 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gaTTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGaaa < 1:3537679/150‑1 (MQ=255) gaTTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGaaa > 1:1183201/1‑150 (MQ=255) aGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTcc > 2:1910899/1‑150 (MQ=255) aGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTcc > 2:1235430/1‑150 (MQ=255) gggggCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCa > 2:3742956/1‑150 (MQ=255) ggCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCatat < 2:3308141/150‑1 (MQ=255) ccAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTc < 2:2012986/150‑1 (MQ=255) cAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTcc < 1:2559571/150‑1 (MQ=255) aGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCg > 2:3022059/1‑150 (MQ=255) aGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTATCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCg < 1:1701122/150‑1 (MQ=255) cTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCGTAc > 1:1865891/1‑150 (MQ=255) aGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCGTACTg < 1:2308242/150‑1 (MQ=255) | ATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCGTACTG > CP009273/2063606‑2063901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |