Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,265,089 | T→A | intergenic (‑120/‑310) | yjcB ← / → yjcC | putative inner membrane protein/putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,265,089 | 0 | T | A | 99.5% | 679.0 / NA | 205 | intergenic (‑120/‑310) | yjcB/yjcC | putative inner membrane protein/putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (104/100); total (104/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GAACCACGCCAGTGGTGAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAACACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTTTCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCATATTAGGCCGTGACTTTTATTGCTGTACAGATTATGTGGTTTTTCAGTGGCATTAAGGGCATATCTTCCCGCCGCCTCTGCATTCCTGTAGGAAATTAATT > CP009273/4264942‑4265235 | gaaCCACGCCAGTGGTGAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATc < 1:379535/150‑1 (MQ=255) aaCCACGCCAGTGGTGAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCa > 1:1167395/1‑150 (MQ=255) aaCCACGCCAGTGGTGAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCa > 1:1345417/1‑150 (MQ=255) aaCCACGCCAGTGGTGAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCa > 1:559292/1‑150 (MQ=255) ccACGCCAGTGGTGAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCAtt < 2:1760342/150‑1 (MQ=255) ccACGCCAGTGGTGAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCAtt > 2:2361206/1‑150 (MQ=255) cGCCAGTGGTGAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAAt > 1:3551029/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGGTGAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGCGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAAtt > 1:3184503/1‑150 (MQ=255) cAGTGGTGAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAAtttt < 1:3647548/150‑1 (MQ=255) gAGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACt < 2:1279909/150‑1 (MQ=255) aGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACta > 2:833962/1‑150 (MQ=255) aGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACta < 1:458170/150‑1 (MQ=255) aGGGTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACta < 2:756191/150‑1 (MQ=255) gggTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACtat < 2:1579021/150‑1 (MQ=255) ggTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACtata > 2:1615599/1‑150 (MQ=255) ggTAGCCATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACtata > 1:2462811/1‑150 (MQ=255) ccATCAAACAATTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATcaca < 2:2231993/150‑1 (MQ=255) aaTTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGAttgt > 2:2644165/1‑150 (MQ=255) aaTTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGAttgt > 2:2642747/1‑150 (MQ=255) aaTTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGAttgt > 1:2172132/1‑150 (MQ=255) aTTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGAttgtt < 2:3013457/150‑1 (MQ=255) aTTCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGAttgtt > 2:1709945/1‑150 (MQ=255) ttCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGAttgttt > 2:2482599/1‑150 (MQ=255) gtCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGAttgttt < 2:465743/149‑1 (MQ=255) tCCTCTGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGAttgtttg < 1:1835125/150‑1 (MQ=255) ctctGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATtgtttgtt > 1:2428332/1‑150 (MQ=255) ctGAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAg < 1:633056/150‑1 (MQ=255) gAAAAGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGcc > 2:2983021/1‑150 (MQ=255) aaaaGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTATCCa > 2:2867522/1‑150 (MQ=255) aaaaGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCa < 1:767367/150‑1 (MQ=255) aaaaGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCa > 2:534419/1‑150 (MQ=255) aaaGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCat < 1:3003488/150‑1 (MQ=255) aaGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCata > 1:3238494/1‑150 (MQ=255) aaGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCata > 1:3295499/1‑150 (MQ=255) aaGAGCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCata < 2:54537/150‑1 (MQ=255) agagCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCatat < 2:3337124/150‑1 (MQ=255) agagCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCatat > 1:365383/1‑150 (MQ=255) agCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCATATTa < 2:567096/150‑1 (MQ=255) gCCGATGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCATATTAg < 1:2145305/150‑1 (MQ=255) tGCCCTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCATATTAGGCCGt < 2:1501911/150‑1 (MQ=255) cccTGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCATATTAGGCCGTGa < 2:895995/150‑1 (MQ=255) tGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCATATTAGGCCGTGACtt > 2:404769/1‑150 (MQ=255) tGGACAGCGCGGCGTTGTTCACGGGAGGCGTGGTACACTCTGGCTATCGCGGGGCTTGCAGAAAACAAAAATGAAACACTCTGTTTGTATCATTAATTTTGTGAACTATATCACAATTGATTGTTTGTTAGCCATATTAGGCCGTGACtt > 1:2938815/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |