Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009273 | 4,436,662 | G→T | G912C (GGT→TGT) | tamB → | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,436,662 | 0 | G | T | 99.5% | 682.9 / ‑4.6 | 205 | G912C (GGT→TGT) | tamB | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (95/109); minor base C (0/1); total (95/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GGGGATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATG > CP009273/4436517‑4436808 | ggggATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTAt < 2:3382001/150‑1 (MQ=255) ggggATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTAt < 1:775711/150‑1 (MQ=255) gggATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATg > 2:2752890/1‑150 (MQ=255) 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atatGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAg < 2:1454004/150‑1 (MQ=255) tatGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAgg > 1:282661/1‑150 (MQ=255) atGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGc > 2:2200156/1‑150 (MQ=255) tGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCa < 2:709477/150‑1 (MQ=255) tGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCa < 2:268593/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |