Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009273 | 364,561 | G→T | D18Y (GAC→TAC) | mhpB → | 2,3‑dihydroxyphenylpropionate 1,2‑dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 364,561 | 0 | G | T | 99.5% | 596.1 / NA | 192 | D18Y (GAC→TAC) | mhpB | 2,3‑dihydroxyphenylpropionate 1,2‑dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (91/100); minor base A (1/0); total (92/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
CGCAAACCCTGGGCAAGACCCTGAATAAACTGGCGTCGGTGATGACGCTGACCCGCCCTGATGCCGACGTTTCTGTCGAAAAGGTAGCCTGATATGCACGCTTATCTTCACTGTCTTTCCCACTCGCCGCTGGTGGGGTATGTCGACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCGTTCTGT > CP009273/364417‑364707 | cGCAAACCCTGGGCAAGACCCTGAATAAACTGGCGTCGGTGATGACGCTGACCCGCCCTGATGCCGACGTTTCTGTCGAAAAGGTAGCCTGATATGCACGCTTATCTTCACTGTCTTTCCCACTCGCCGCTGGTGGGGTATGTCTACCCg < 2:1554754/150‑1 (MQ=255) gCAAACCCTGGGCAAGACCCTGAATAAACTGGCGTCGGTGATGACGCTGACCCGCCCTGATGCCGACGTTTCTGTCGAAAAGGTAGCCTGATATGCACGCTTATCTTCACTGTCTTTCCCACTCGCCGCTGGTGGGGTATGTCTACCCgg > 1:3777070/1‑150 (MQ=255) aaaCCCTGGGCAAGACCCTGAATAAACTGGCGTCGGTGATGACGCTGACCCGCCCTGATGCCGACGTTTCTGTCGAAAAGGTAGCCTGATATGCACGCTTATCTTCACTGTCTTTCCCACTCGCCGCTGGTGGGGTATGTCTACCCGgcg > 2:2370535/1‑150 (MQ=255) 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ccACTCGCCGCTGGTGGGGTATGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTa < 2:102454/150‑1 (MQ=255) cACTCGCCGCTGGTGGGGTATGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTAt > 2:1551329/1‑150 (MQ=255) aCTCGCCGCTGGTGGGGTATGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATg < 2:3785948/150‑1 (MQ=255) aCTCGCCGCTGGTGGGGTATGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATg < 2:1394588/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCTGGTGGGGTATGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGAc > 2:697101/1‑150 (MQ=255) ccgcTGGTGGGGTATGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTg < 1:1461981/150‑1 (MQ=255) tggGGTATGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGTGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCAc < 1:438818/150‑1 (MQ=255) gggTATGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCg > 1:2778451/1‑150 (MQ=255) aTGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCGTTCt > 1:508781/1‑150 (MQ=255) aTGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCGTTCt < 2:2744280/150‑1 (MQ=255) aTGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCGTTCt < 1:2271108/150‑1 (MQ=255) tGTCTACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCGTTCTg < 1:544882/150‑1 (MQ=255) | CGCAAACCCTGGGCAAGACCCTGAATAAACTGGCGTCGGTGATGACGCTGACCCGCCCTGATGCCGACGTTTCTGTCGAAAAGGTAGCCTGATATGCACGCTTATCTTCACTGTCTTTCCCACTCGCCGCTGGTGGGGTATGTCGACCCGGCGCAAGAGGTGCTCGATGAGGTCAATGGCGTGATTGCCAGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCGTTCTGT > CP009273/364417‑364707 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |