| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 34,225 | A→G | intergenic (+187/‑75) | carB → / → caiF | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit/cai operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 34,225 | 0 | A | G | 99.0% | 764.1 / NA | 201 | intergenic (+187/‑75) | carB/caiF | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit/cai operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base G (97/101); minor base T (1/1); total (99/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGG > CP009273/34078‑34371 | gAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCTTTTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAGtttt < 2:959715/150‑1 (MQ=255) gAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAGtttt < 1:2562528/150‑1 (MQ=255) gAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAACAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAGtttt > 1:1465341/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |