Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 518,243 | G→T | R791L (CGA→CTA) | ybbP → | putative ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 518,243 | 0 | G | T | 99.5% | 690.4 / NA | 217 | R791L (CGA→CTA) | ybbP | putative ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (94/122); total (94/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TGGCCGCAATTGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCGACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCT > CP009273/518096‑518389 | tggCCGCAATTGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGTCTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTAc < 1:473864/150‑1 (MQ=255) ggCCGCAATTGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACt < 1:3333674/150‑1 (MQ=255) ggCCGCAATTGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACt < 1:2582474/150‑1 (MQ=255) ccGCAATTGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTgg > 2:393420/1‑150 (MQ=255) cGCAATTGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGt > 1:1562474/1‑150 (MQ=255) cAATTGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTa < 1:2319027/150‑1 (MQ=255) cAATTGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTa < 2:2353546/150‑1 (MQ=255) cAATTGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTa < 1:71557/150‑1 (MQ=255) ttGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATAGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAgg > 2:3412607/1‑150 (MQ=255) tGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAggg < 2:1758327/150‑1 (MQ=255) tGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAggg > 2:489817/1‑150 (MQ=255) gTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTa > 1:93014/1‑150 (MQ=255) gAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGgcg < 2:692592/150‑1 (MQ=255) gAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGgcg > 2:1836358/1‑150 (MQ=255) anaCGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGgcgc > 1:151081/1‑150 (MQ=255) aaaCGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGgcgc < 2:1771898/150‑1 (MQ=255) aaaCGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGAGTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTGAAGGGTAAGgcgc > 2:2161019/1‑150 (MQ=255) aaCGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCt > 2:3096273/1‑150 (MQ=255) 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gcTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAg < 1:2421399/150‑1 (MQ=255) tGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGc < 1:2347673/150‑1 (MQ=255) cAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGt > 1:2831578/1‑150 (MQ=255) aGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGtt > 1:2840362/1‑150 (MQ=255) gtgtTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGttt < 2:1553317/150‑1 (MQ=255) 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tCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAgggg < 1:1570062/150‑1 (MQ=255) ccGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGc < 1:533575/150‑1 (MQ=255) gAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTg < 1:1359898/150‑1 (MQ=255) aGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTgg < 1:195027/150‑1 (MQ=255) aGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTgg > 2:2183154/1‑150 (MQ=255) 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gctgctgctGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTc < 1:1334946/150‑1 (MQ=255) ctgctgTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATtg > 2:1625638/1‑150 (MQ=255) gctgTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAATGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCATGTTTAAATTAATTATACAAAATTTTTAATttat > 1:3186256/1‑150 (MQ=255) gctgTCGCTTTTCGGCGGCTGGCGGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAAGGGCGTTCTGGTTGAAATGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATtgat > 1:1428762/1‑150 (MQ=255) gTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTgatgat > 1:1897297/1‑150 (MQ=255) cGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGt < 1:2077945/150‑1 (MQ=255) gCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGtt < 2:843431/150‑1 (MQ=255) gCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGtt < 2:3062484/150‑1 (MQ=255) ttttCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTAt < 1:3096273/150‑1 (MQ=255) tttCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTAtt < 2:3187984/150‑1 (MQ=255) 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gggTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTcc < 1:2161019/150‑1 (MQ=255) gTGCGCTACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTa < 1:3026490/150‑1 (MQ=255) | TGGCCGCAATTGGTGCGGAAACGGCGCTGGCAGTGTTGCAGGCGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCGACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCT > CP009273/518096‑518389 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |