| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 582,322 | C→A | E15* (GAA→TAA) | envY ← | porin thermoregulatory transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 582,322 | 0 | C | A | 99.5% | 615.6 / NA | 187 | E15* (GAA→TAA) | envY | porin thermoregulatory transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (105/81); total (106/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
ATGATGTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTCGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGATCTTCTTTCTTTAGCACGCTTT > CP009273/582177‑582468 | atgatgTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTc < 2:2721860/150‑1 (MQ=255) tgatgTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCa < 2:1391431/150‑1 (MQ=255) tgatgTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCa > 2:450884/1‑150 (MQ=255) atgTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAgg > 1:3040068/1‑150 (MQ=255) tgTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGa < 1:3526681/150‑1 (MQ=255) tgTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGa > 2:648086/1‑150 (MQ=255) gTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATcaccac < 1:3509550/150‑1 (MQ=255) ttGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACg < 1:1056580/150‑1 (MQ=255) gtgGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAgg < 2:1861347/150‑1 (MQ=255) gtgGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAgg < 2:2174826/150‑1 (MQ=255) gngTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGtt > 1:2528739/1‑150 (MQ=255) gTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCa > 2:1244599/1‑150 (MQ=255) gATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCAct < 1:1170443/150‑1 (MQ=255) aTTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCActg > 1:2013055/1‑150 (MQ=255) aTTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCActg > 1:1872515/1‑150 (MQ=255) tAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCActgct > 1:611740/1‑150 (MQ=255) aaTACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCActgctg < 2:2104033/150‑1 (MQ=255) aTACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACtgctgc > 2:2681286/1‑150 (MQ=255) aTACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACtgctgc > 1:3771228/1‑150 (MQ=255) aTACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACtgctgc > 1:3549138/1‑150 (MQ=255) tACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTgctgct < 1:863115/150‑1 (MQ=255) tACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTgctgct < 2:2225094/150‑1 (MQ=255) aCGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTc < 2:1343907/150‑1 (MQ=255) gTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCaa < 1:1244599/150‑1 (MQ=255) tGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAAt < 2:687123/150‑1 (MQ=255) aTTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTg > 2:449016/1‑150 (MQ=255) tAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCAt < 2:3335511/150‑1 (MQ=255) aaCGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCAtt < 1:1343309/150‑1 (MQ=255) aaCGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTATTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCAtt > 1:2118107/1‑150 (MQ=255) gTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCg > 2:3311779/1‑150 (MQ=255) gTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCg > 1:2261065/1‑150 (MQ=255) ttGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGc > 1:278963/1‑150 (MQ=255) ttGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGc > 2:2810052/1‑150 (MQ=255) tCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCa < 1:73282/150‑1 (MQ=255) tCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCa < 1:74601/150‑1 (MQ=255) cAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTc < 1:561041/128‑1 (MQ=255) cAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTc > 2:561041/1‑128 (MQ=255) aaTGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGa > 2:283533/1‑150 (MQ=255) aTGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGat > 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tATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGaa > 2:3699525/1‑150 (MQ=255) tATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGaa > 1:989164/1‑150 (MQ=255) aTTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGaaa > 2:850060/1‑150 (MQ=255) ttgttgCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAAc < 2:1695942/150‑1 (MQ=255) tgttgCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACt < 2:3165140/150‑1 (MQ=255) tgttgCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACt > 2:2303347/1‑150 (MQ=255) ttgCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTcc > 2:2583417/1‑150 (MQ=255) cgAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCaaa > 2:3582737/1‑150 (MQ=255) cgAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCaaa > 1:3321562/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAg > 1:283671/1‑150 (MQ=255) 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tATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAAc > 1:1610649/1‑150 (MQ=255) tATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAAc < 2:3529258/150‑1 (MQ=255) tGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGAt < 2:1942267/150‑1 (MQ=255) tGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGAt < 1:450884/150‑1 (MQ=255) tGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGAt > 1:3174357/1‑150 (MQ=255) 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ctacctctTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGATCTTCTTTCTTTa < 1:14269/150‑1 (MQ=255) tacctctTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGATCTTCTTTCTTTAg > 1:594268/1‑150 (MQ=255) cctctTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATAAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGATCTTCTTTCTTTAGCa > 1:3384087/1‑150 (MQ=255) ctctTTTTAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGATCTTCTTTCTTTAGCAc > 1:2407300/1‑150 (MQ=255) tttttAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGATCTTCTTTCTTTAGCACGCt > 2:3672176/1‑150 (MQ=255) tttttAGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGATCTTCTTTCTTTAGCACGCt > 2:1979485/1‑150 (MQ=255) | ATGATGTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTCGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGATCTATGCTTCCTGCATGAGTGATCGGCCCGTTCGCCGATAACGATCTTCTTTCTTTAGCACGCTTT > CP009273/582177‑582468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |